<질의요지>
｢국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정｣ 제12조제5항 및 별표 2에서는 국가연구개발사업의 연구개발비를 구성하는 직접비 비목 중 연구장비·재료비 세목의 계상기준을 “실제 필요한 경비”로 규정하고 있는바, 연구개발과제 수행기관이 연구장비의 부가가치세를 환급받는 경우 연구장비·재료비에 대한 연구개발비를 계상할 때 부가가치세를 포함하지 않고 연구개발비를 계상할 수 있는지?
[질의 배경]
민원인은 위 질의요지에 관한 사항에 대하여 의문이 있어 과학기술정보통신부에 질의하였는데 과학기술정보통신부에서 부가가치세를 포함하여 연구개발비를 계상해야 한다고 회신하자 이에 이견이 있어 법령해석을 요청함.
<회 답>
이 사안의 경우 연구장비·재료비에 대한 연구개발비를 계상할 때 부가가치세를 포함하여 계상해야 합니다.
<이 유>
｢국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정｣ 제12조제5항에서는 연구개발비의 비목은 직접비 및 간접비로 구성하며, 각 비목별 계상기준은 별표 2와 같다고 규정하고 있고, 같은 규정 별표 2에서는 직접비 비목 중 연구장비·재료비 세목의 계상기준을 “실제 필요한 경비”로 규정하고 있습니다.
그런데 국가연구개발사업을 수행하거나 참여하려는 자는 연구개발비 명세서 등이 포함된 연구개발계획서를 작성하여 해당 중앙행정기관의 장 등에게 연구개발과제를 신청하도록 한 ｢국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정｣ 제6조제4항제7호의2의 규정에 비추어 볼 때, 연구개발비를 계상하는 시점은 실제 연구개발비를 집행하기 전이고 이 때 필요한 경비는 연구장비의 판매자에게 실제 지급해야 하는 경비인바, 연구장비의 판매금액에는 부가가치세가 포함되어 있다는 점과 연구개발비에서 집행되는 관세, 부가가치세 등을 관련 세법에 따라 신고하도록 한 같은 규정 제12조의2제2호의 규정 등을 고려하면 ｢국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정｣ 별표 2에서 “실제 필요한 경비”는 “부가가치세가 포함된 연구장비의 판매금액”을 의미한다고 보아야 합니다.
그리고 ｢국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정｣ 별표 2에 따른 연구개발비 비목별 계상기준은 연구개발과제 수행기관이 부가가치세를 환급받는 기관인지 여부에 관계없이 모든 국가연구개발사업에 통일적으로 적용되는 기준이므로 부가가치세를 환급받을 수 있다는 연구개발과제 수행기관의 사정에 따라 해당 계상기준을 달리 적용할 수는 없습니다.
한편 ｢국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정｣ 제12조의2제3항제1호 각 목의 규정[｢국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정｣ 제12조의2제3항제1호 각 목에서는 “건당 3천만원(부가가치세를 포함한다)의 연구장비”라고 규정하고 있음.] 등과 같이 법령에서 부가가치세를 포함한다고 명시적으로 규정한 경우만 부가가치세를 포함하는 것으로 보아야 한다는 의견이 있으나, 같은 규정에서 부가가치세를 포함한다고 규정한 것은 집행과정에서 발생할 수 있는 혼란을 줄이기 위해 부가가치세가 포함됨을 명확히 한 것일 뿐이므로 해당 규정이 없더라도 연구장비·재료비에 대한 연구개발비를 계상할 때 부가가치세를 포함하여 계상할 수 있다는 점에서 그러한 의견은 타당하지 않습니다.
【법제처 19-0224, 2019.07.19.】