<질의요지>
구 「보조금 관리에 관한 법률」(2016년 1월 28일 법률 제13931호로 일부개정되어 2016년 4월 29일 시행된 것을 말하며, 이하 “구 보조금법”이라 함)에서 신설된 제31조의2제1항 본문에서는 중앙관서의 장은 보조사업자 또는 간접보조사업자(이하 “보조사업자등”이라 함)가 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 보조금 또는 간접보조금(이하 “보조금등”이라 함)을 교부받은 사유로 같은 법 제30조에 따라 교부 결정의 전부 또는 일부 취소를 1회 이상 받은 경우(제1호) 등에는 해당 보조사업자등을 소관 보조사업 또는 간접보조사업(이하 “보조사업등”이라 함)의 수행 대상에서 배제하거나 보조금등의 교부를 제한(이하 “수행배제등”이라 함)하여야 한다고 규정하고 있고, 구 보조금법 부칙 제5조에서는 같은 법 제31조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 보조금등의 교부 결정에 대하여 전부 또는 일부가 취소되는 경우부터 적용한다고 규정하고 있는바,
구 보조금법 시행 전에 보조금등의 교부 결정을 받고 같은 법 시행 이후 그 보조금등 교부결정에 대하여 전부 또는 일부가 취소된 경우, 중앙관서의 장은 구 보조금법 부칙 제5조 및 같은 법 제31조의2제1항의 개정규정에 따라 해당 보조사업자등에 대하여 수행배제등을 하여야 하는지?
<회 답>
이 사안의 경우, 중앙관서의 장은 구 보조금법 부칙 제5조 및 같은 법 제31조의2제1항의 개정규정에 따라 해당 보조사업자등에 대하여 수행배제등을 하여야 합니다.
<이 유>
구 보조금법 제31조의2제1항 본문에서는 중앙관서의 장은 보조사업자등이 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 보조금등을 교부받은 사유로 같은 법 제30조에 따라 교부 결정의 전부 또는 일부 취소를 1회 이상 받은 경우(제1호) 등에 해당하는 경우에는 해당 보조사업자등에 대하여 수행배제등을 하여야 한다고 규정하면서, 같은 법 부칙 제5조에서는 같은 법 제31조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 보조금등의 교부 결정에 대하여 전부 또는 일부가 취소되는 경우부터 적용하는 것으로 규정하고 있는바, 이 사안에서는 구 보조금법 제31조의2제1항 시행 전에 보조금등의 교부 결정을 받고 같은 규정 시행 이후 그 보조금등 교부결정에 대하여 전부 또는 일부가 취소된 경우, 중앙관서의 장은 구 보조금법 부칙 제5조 및 같은 법 제31조의2제1항의 개정규정에 따라 해당 보조사업자등에 대하여 수행배제등을 하여야 하는지 여부가 문제됩니다.
일반적으로 부칙의 적용례 규정은 새로운 법령의 시행에 있어서 최초 적용시기 및 대상 등에 관한 사항을 구체적으로 명기함으로써 해석상 논란을 사전에 방지하기 위하여 두는 것인데(법제처 2024.4.4. 회신 23-0976 해석례, 법제처 2012.12.26. 회신 12-0667 해석례 등 참조), 구 보조금법 부칙 제5조는 같은 법 제31조의2제1항의 개정규정의 적용대상을 규정하면서 “이 법 시행 이후 보조금등 교부 결정이 있는 경우”가 아니라 “이 법 시행 이후 보조금등 교부 결정에 대하여 전부 또는 일부가 취소된 경우”라고 규정하고 있는바, 구 보조금법 시행 전에 보조금등 교부 결정을 받은 경우라고 하더라도 같은 법 시행 이후 보조금등 교부 결정의 전부 또는 일부가 취소된 경우에는 개정규정을 적용하겠다는 취지로 보아야 할 것이므로(법제처 2012.12.26. 회신 12-0667 해석례 참조), 구 보조금법 시행 전에 보조금등의 교부 결정을 받고 같은 법 시행 이후 그 보조금등 교부결정에 대하여 전부 또는 일부가 취소된 경우, 중앙관서의 장은 구 보조금법 부칙 제5조 및 같은 법 제31조의2제1항의 개정규정에 따라 해당 보조사업자등에 대하여 수행배제등을 하여야 합니다.
그리고 구 보조금법 제31조의2에서 규정하고 있는 보조사업 수행배제 제도는 단 한 번의 보조금 허위신청에 의한 부정수급에 대해서도 해당 보조사업자등을 보조사업의 참여에서 제한하여 보조금 부정 수급자에 대한 제재를 강화함으로써 보조금 부정수급을 방지하기 위하여 신설된 규정으로(2015.8.25. 의안번호 제1916567호로 발의된 보조금 관리에 관한 법률 일부개정법률안에 대한 국회 기획재정위원회 검토보고서 및 헌법재판소 2025.1.23. 선고 2021헌가35 결정례 참조), 만약 보조금등의 교부 결정 시점이 구 보조금법의 시행 전인지 그 이후인지 여부에 따라 개정규정의 적용 여부를 달리 판단하여 같은 법 시행 전에 보조금등의 교부결정을 받은 보조사업자등에 대해서는 수행배제등을 할 수 없도록 한다면, 명문의 규정 없이 적용범위를 축소하는 것으로, 보조금 부정 수급에 대한 제재를 강화하려는 보조사업 수행배제 제도의 도입 목적에 부합하지 않는다고 할 것입니다.
한편 행정법규의 소급적용은 법치주의의 원리에 반하고, 개인의 권리·자유에 부당한 침해를 가하며, 법률생활의 안정을 위협하는 것이어서 법령의 소급적용을 인정하지 않는 것이 원칙이므로(대법원 2005.5.13. 선고 2004다8630 판결례 참조) 구 보조금법 시행 전에 보조금등의 교부 결정을 받은 보조사업자등에 대하여는 수행배제등을 할 수 없다는 의견이 있을 수 있으나, 구 보조금법 제31조의2제1항에 따라 보조사업자등에 대하여 수행배제등을 하는 것은 보조금등의 교부 결정이 취소되었을 것을 요건으로 하고 있는데(법제처 2021.12.29. 회신 21-0666 해석례 참조), 구 보조금법 시행 이후 보조금등의 교부 결정이 취소되어 수행배제등의 요건이 충족된 경우에 수행배제등을 하는 것은 소급적용이라고 볼 수 없을 것이므로 그러한 의견은 타당하지 않다고 할 것입니다.
따라서 이 사안의 경우, 중앙관서의 장은 구 보조금법 부칙 제5조 및 같은 법 제31조의2제1항의 개정규정에 따라 해당 보조사업자등에 대하여 수행배제등을 하여야 합니다.
【법제처 25-0622, 2025.10.29.】