<판결요지>
[1] 구 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제16조제1항에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 이를 공급받는 자에게 세금계산서를 교부하여야 하는데, 여기서 ‘용역을 공급받는 자’는 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 역무 등을 제공받는 자를 의미하므로, 계약상 원인에 의하여 ‘용역을 공급받는 자’가 누구인가를 결정할 때에는 용역공급의 원인이 되는 계약의 당사자 및 내용, 용역의 공급은 누구를 위하여 이루어지는 것이며 대가의 지급관계는 어떠한지 등 제반 사정을 고려하여야 한다.
[2] 한국철도시설공단이 한국철도공사에게서 선로 등 유지보수비에 관한 세금계산서를 교부받아 이를 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고·납부하자, 관할 세무서장이 한국철도시설공단이 한국철도공사와 선로 등 사용계약만 체결하고 유지보수계약은 체결하지 않았으므로 그 부가가치세액을 매입세액으로 공제할 수 없다는 이유로 한국철도시설공단에 부가가치세 부과처분을 한 사안에서, 2003.7.29. 법률 제6955호로 제정된 구 철도산업발전기본법을 통한 철도산업의 구조개혁은 철도시설관리자인 한국철도시설공단에 철도시설의 관리업무를 위탁하고, 철도운영자인 한국철도공사에게 철도운영에 관한 업무를 수행하도록 하여, 철도시설 부문과 철도운영 부문을 분리하고 상호 보완적 기능이 발휘될 수 있도록 추진되었으므로, 선로 등 유지보수 업무의 구체적인 시행이 관련 규정에 따라 철도운영자인 한국철도공사에 위탁되었더라도, 선로 등 유지보수 업무 자체는 철도시설 관리업무의 하나로서 국가에게서 한국철도시설공단에 위탁된 업무로 보아야 하는 점 등에 비추어 보면, 선로 등 유지보수 용역의 원인이 되는 계약상의 권리의무와 그에 따른 법률효과는 종국적으로 한국철도시설공단에 귀속되었고, 용역의 공급은 한국철도시설공단을 위하여 이루어졌으며, 그에 대한 대가 역시 한국철도시설공단이 지급하였다고 봄이 타당하므로, 한국철도시설공단은 철도시설관리자로서 관련 법령에 따른 위탁사무를 수행하는 과정에서 계약상의 원인에 의하여 한국철도공사에게서 선로 등의 유지보수 용역을 공급받는 자에 해당하는데도 이와 달리 본 원심판단에 법리를 오해한 잘못이 있다고 한 사례.
◆ 대법원 2016.5.12. 선고 2016두30187 판결 [부가가치세부과처분취소]
♣ 원고, 상고인 / 한국철도시설공단
♣ 피고, 피상고인 / 대전세무서장
♣ 원심판결 / 대전고법 2015.12.3. 선고 2015누11729 판결
<주 문>
원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송한다.
<이 유>
상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 구 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제16조제1항에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 이를 공급받는 자에게 세금계산서를 교부하여야 하는바, 여기서 ‘용역을 공급받는 자’라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 역무 등을 제공받는 자를 의미하므로, 계약상 원인에 의하여 ‘용역을 공급받는 자’가 누구인가를 결정함에 있어서는 해당 용역공급의 원인이 되는 계약의 당사자 및 그 내용, 위 용역의 공급은 누구를 위하여 이루어지는 것이며 그 대가의 지급관계는 어떠한지 등 제반 사정을 고려하여야 한다(대법원 2006.12.22. 선고 2005두1497 판결 등 참조).
2. 원심판결 이유와 적법하게 채택한 증거에 의하면, ① 국가는 철도산업의 경쟁력을 강화하고 발전기반을 조성하기 위하여 철도시설 부문과 철도운영 부문을 분리하는 철도산업의 구조개혁을 추진하고자 2003.7.29. 법률 제6955호로 구 철도산업발전기본법을 제정하고, 기존의 철도청과 고속철도시설공단의 관련 조직을 통·폐합하거나 그 조직을 전환하여 원고와 한국철도공사를 각각 설립한 후, 철도시설 부문은 원고로 하여금 철도의 선로 등 철도시설의 건설 및 관리 등에 관한 업무의 일부를 대행하도록 하고, 철도운영 부문은 한국철도공사로 하여금 철도 여객 및 화물운송 등 철도운영사업을 수행하도록 한 사실, ② 이에 따라 국가는 2004.4.경 원고와 사이에 철도자산의 관리업무를 위탁하고자 ‘일반철도 시설자산 관리위탁계약’을 체결하였는데, 그중 철도자산의 유지보수 시행업무는 구 철도산업발전기본법 제38조 단서에 따라 국가가 위탁계약을 통하여 한국철도공사로 하여금 시행하도록 하고, 그 유지보수에 대한 계획수립 등의 업무는 원고가 시행하기로 하는 한편, 선로 등 철도시설의 사용계약업무는 국가가 한국철도공사와 선로 등의 사용계약을 하고, 사용료 징수 등 사용계약관리는 원고가 수행하기로 한 사실, ③ 이어서 국가는 2004.12.31. 철도청과 사이에 ‘일반철도 시설 유지보수 위·수탁계약’과 ‘일반철도 선로 등 사용계약’을 체결하였고, 그 직후 한국철도공사는 철도청의 지위를 승계한 사실, ④ 이후 원고는 유지보수 사업계획 및 예산안 승인, 집행계획서 검토, 철도시설 보수 지시 등 한국철도공사의 유지보수 업무와 관련하여 각종 지시와 검토를 하고, 재해취약시설 일제 점검, 철도보호지구 내 안전관리 현장조사 및 결과 보고, 철도보호지구 내 행위허가 등 일반철도 관리업무를 수행하여 온 사실, ⑤ 그리고 원고는 2005.12.30. 구 철도산업발전기본법 제31조에 따라 철도시설관리자로서 국가를 대신하여 한국철도공사와 ‘일반철도 선로 등 사용계약’을 체결하였고, 현재에 이르기까지 수차례에 걸쳐 유사한 내용으로 그 계약을 연장하여 오면서, 선로 등에 대한 유지보수는 위 ‘일반철도 시설 유지보수 위·수탁계약’에 따르기로 하고(제7조), 선로 등 사용료는 원고가 선로 등을 제공하는 것을 전제로 하여 한국철도공사가 원고에게 납부하기로 하되, 원고가 한국철도공사에 지급하여야 할 유지보수비의 총액에서 국가가 한국철도공사에게 지원하는 유지보수비를 제외한 금액과 상계 처리한 사실(제8조), ⑥ 이에 원고는 2005년경부터 한국철도공사로부터 위 상계 처리된 유지보수비에 관하여 원고가 ‘공급받는 자’로 된 이 사건 세금계산서를 교부받아 이를 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고·납부한 사실, ⑦ 한편 국가와 한국철도공사 간의 ‘일반철도 시설 유지보수 위·수탁계약’은 2010.1.25. 종전과 유사한 내용으로 다시 체결되었으나, 2013.3.20.에 이르러 원고와 한국철도공사 간의 계약으로 변경된 사실, ⑧ 이에 대하여 피고는 원고가 한국철도공사와 선로 등 사용계약만을 체결하고 유지보수계약은 체결하지 않았으므로 그 부가가치세액을 매입세액으로 공제할 수 없다는 이유로 이 사건 처분을 한 사실 등을 알 수 있다.
이러한 사실관계에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 구 철도산업발전기본법을 통한 철도산업의 구조개혁은 철도시설관리자인 원고에게 철도시설의 관리업무를 위탁하고, 철도운영자인 한국철도공사에게 철도운영에 관한 업무를 수행하도록 하여, 철도시설 부문과 철도운영 부문을 분리하고 철도시설 부문과 철도운영 부문 간의 상호 보완적 기능이 발휘될 수 있도록 추진되었으므로, 선로 등 유지보수 업무의 구체적인 시행이 관련 규정에 따라 철도운영자인 한국철도공사에게 위탁되었더라도, 선로 등의 유지보수 업무 자체는 철도시설 관리업무의 하나로서 국가로부터 원고에게 위탁된 업무로 보아야 하는 점, ② 비록 처음에는 국가와 철도청 간에 ‘일반철도 시설 유지보수 위·수탁계약’과 ‘일반철도 선로 등 사용계약’이 체결되었고, 그중 ‘일반철도 시설 유지보수 위·수탁계약’은 국가와 한국철도공사 간에 한차례 더 체결되기도 하였으나, 선로 등 사용료 징수 부분은 철도시설관리자인 원고가 선로 등의 유지보수비용을 회수할 수 있도록 철도시설을 사용하는 자로부터 그 사용료를 징수하도록 한 구 철도산업발전기본법 제31조에 따라 원고가 2005.12.30. 한국철도공사와 ‘일반철도 선로 등 사용계약’을 체결함으로써 당초 계획하였던 철도산업의 구조개혁의 취지와 관련 법령에 부합하는 방식으로 변경되었고, 이로써 선로 등 사용료는 국가가 아닌 원고가 선로 등을 제공하는 것이므로 원고에게 납부하여야 함을 명확히 한 점, ③ 이때 선로 등의 유지보수 업무 부분에 있어서도, 원고와 한국철도공사는 위 ‘일반철도 선로 등 사용계약’을 체결하면서 유지보수비의 지급의무가 원고에게 있음을 전제로 하여 한국철도공사가 구체적으로 시행할 선로 등의 유지보수 업무의 내용에 관하여 앞서 국가와 철도청 간에 체결된 ‘일반철도 시설 유지보수 위·수탁계약’에 따르도록 약정하였고, 이후 한국철도공사는 선로 등의 유지보수 업무를 실제 시행함에 있어서도 유지보수 사업계획 및 예산안 승인, 집행계획서 검토, 철도시설 보수 지시 등 유지보수 업무 전반에 걸쳐 원고의 지시와 검토를 따라 왔던 점, ④ 그 과정에서 원고는 원고가 한국철도공사에 지급하여야 할 유지보수비의 총액에서 국가가 한국철도공사에게 지원하는 유지보수비를 제외한 금액과 한국철도공사가 원고에게 납부할 선로 등 사용료를 상계 처리함으로써 선로 등의 유지보수 용역의 대가를 원고가 부담한 점, ⑤ 그리고 이러한 선로 등의 유지보수 용역의 시행과 상계에 의한 그 용역대가의 지급 방식은 원고와 한국철도공사 그리고 국가 사이에서 아무런 이의 없이 줄곧 이어져 왔던 점, ⑥ 한편 위 ‘일반철도 시설 유지보수 위·수탁계약’은 국가와 한국철도공사 간에 종전과 유사한 내용으로 다시 체결되는 등 명목상 법률관계가 지속되어 왔으나, 2013.3.20.에 이르러서는 그 실질에 맞게 원고와 한국철도공사 간의 계약으로 변경된 점 등을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 선로 등 유지보수 용역의 원인이 되는 계약상의 권리의무와 그에 따른 법률효과는 종국적으로 원고에게 귀속되었고, 그 용역의 공급은 원고를 위하여 이루어진 것이며, 그에 대한 대가 역시 원고가 지급하였다고 봄이 상당하므로, 원고는 철도시설관리자로서 관련 법령에 따른 위탁사무를 수행하는 과정에서 계약상의 원인에 의하여 한국철도공사로부터 선로 등의 유지보수 용역을 공급받는 자에 해당한다.
그럼에도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로, 이 사건 세금계산서는 선로 등의 유지보수 용역을 공급받을 법률상 또는 계약상 원인 없는 원고를 공급받는 자로 하여 발행된 것으로서 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 보아 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 부가가치세법상 용역을 공급받는 자에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
3. 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 김용덕(재판장) 이인복 김소영 이기택(주심)