<판결요지>
[1] 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 면세사업에만 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다.
[2] 갑 주식회사가 면세사업인 시내버스 여객운송업과 과세사업인 광고매체제공업을 겸영하면서 버스구입비, 유류비, 수리를 위한 부품비 등에 대한 매입세액 중 공급가액에 비례하여 안분한 금액을 광고사업의 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고하였으나 과세관청이 매입세액이 모두 여객운송업에만 관련된 매입세액에 해당한다고 보아 그 매입세액을 불공제하여 갑 회사에 부가가치세 부과처분을 한 사안에서, 버스구입비, 유류비, 수리를 위한 부품비 등은 면세사업인 여객운송업을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 갑 회사가 위 광고사업을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하는 것이고, 광고물의 설계·제작·설치·관리에 소요되는 비용은 갑 주식회사를 대리한 서울특별시 운송사업조합와 사이에 광고물의 설계·제작·설치·관리 등을 대행하고 자신의 비용으로 지급하기로 시내버스 광고사업 대행계약을 체결한 주식회사 을 신문사가 전적으로 부담하고 있어 광고물의 부착에 따라 갑 회사에 버스구입비, 유류비, 수리를 위한 부품비 등이 추가로 소요되는 것이 아닌 이상, 위 매입세액은 모두 면세사업인 여객운송업에만 관련된 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다고 보아야 할 것인데도 이와 달리 본 원심판단에 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액의 구분방법 등에 관한 법리오해의 위법이 있다고 한 사례.
◆ 대법원 2013.12.26. 선고 2013두17336 판결 [부가가치세부과처분취소]
♣ 원고, 피상고인 / ○○교통 주식회사
♣ 피고, 상고인 / 서대문세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2013.7.17. 선고 2012누38208 판결
<주 문>
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 구 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조제1항, 제2항제4호 및 구 부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제17조제1항, 제2항제6호는 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하고, 구 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제61조제1항 등은 ‘사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분하는 방법 등으로 계산한다’고 규정하고 있다.
2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, ① 원고를 대리한 서울특별시 운송사업조합이 주식회사 ○○신문사(이하 ‘○○신문사’라고만 한다)와 사이에, ○○신문사가 그의 비용으로 광고물의 설계·제작·설치·관리 및 광고주의 유치 등 제반사항을 대행하고 원고 등의 서울시내 버스회사가 버스 내·외부에 그 광고물을 부착한 채 버스를 운행함으로써 ○○신문사로부터 대가를 지급받기로 하는 시내버스 광고사업 대행계약을 체결함으로써, 원고는 면세사업인 시내버스 여객운송업과 아울러 과세사업인 광고매체제공업(이하 ‘이 사건 광고사업’이라 한다)을 겸영하게 된 사실, ② 원고는 2006년 제2기부터 2011년 제1기까지의 버스구입비, 유류비, 수리를 위한 부품비 등에 대한 매입세액 1,691,722,318원(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다) 중 공급가액에 비례하여 안분한 49,479,457원을 이 사건 광고사업의 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고한 사실, ③ 그러나 피고는 이 사건 매입세액이 모두 면세사업인 여객운송업에만 관련된 매입세액에 해당한다고 보아 그 매입세액을 불공제하여 2011.10.12. 원고에게 2006년 제2기부터 2011년 제1기까지의 부가가치세를 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
나아가 원심은, 이 사건 광고사업은 버스 승객 또는 행인들에게 광고물이 노출되도록 하는 용역을 제공하고 대가를 지급받는 사업으로서 버스의 운행을 전제로 하고 있으므로 버스구입비, 유류비, 수리를 위한 부품비 등 버스 운행과 관련된 이 사건 매입세액은 면세사업인 여객운송업뿐만 아니라 과세사업인 이 사건 광고사업에도 공통되는 매입세액에 해당한다는 등의 이유로, 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분한 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다.
사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고(대법원 2009.7.9. 선고 2007두10389 판결 등 참조), 그 매입세액이 오로지 면세사업에만 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다.
이 사건 광고사업이 버스의 운행을 전제로 한다고 하더라도, 버스구입비, 유류비, 수리를 위한 부품비 등은 면세사업인 여객운송업을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 원고가 이 사건 광고사업을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하는 것이고, 광고물의 설계·제작·설치·관리에 소요되는 비용은 ○○신문사가 전적으로 부담하고 있어 광고물의 부착에 따라 원고에게 버스구입비, 유류비, 수리를 위한 부품비 등이 추가로 소요되는 것이 아닌 이상, 이 사건 매입세액은 모두 면세사업인 여객운송업에만 관련된 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다고 보아야 할 것이다.
그런데도 원심은 이와 달리 이 사건 매입세액이 면세사업인 여객운송업과 과세사업인 이 사건 광고사업에 공통되는 매입세액에 해당한다고 보아 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액의 구분방법 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 박병대(재판장) 양창수 고영한 김창석(주심)