[1] 누락수입에 대하여 실지조사결정에 의해 과세처분할 경우, 누락수입에 대응하는 비용의 신고누락에 대한 입증책임(=납세의무자)
[2] 준설선 등 선박에 유류를 공급하는 업을 목적으로 하는 갑 주식회사가 을 주식회사 등에게서 허위세금계산서를 수취하고 2006년 및 2007년도 법인세를 신고납부하였는데, 이에 대하여 과세관청이 갑 회사의 허위세금계산서 매입액 중 갑 회사가 제출한 유류의 실지매입사실을 인정한 금액을 제외한 매입액을 손금불산입하는 등 2004 사업연도부터 2007 사업연도까지의 법인세 부과처분을 한 사안에서, 제반 사정에 비추어 무자료 매입유량이 있다고 보고 그에 상당한 필요경비의 발생이 경험칙상 명백하다고 본 원심판결에 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 있다고 한 사례
[3] 납세의무자가 신고한 비용 중 일부 금액에 관한 세금계산서가 허위인 경우, 그것이 실지비용이라는 점에 관한 입증책임(=납세의무자)
[4] 준설선 등 선박에 유류를 공급하는 업을 목적으로 하는 갑 주식회사가 을 주식회사 등에게서 허위세금계산서를 수취하고 2006년 및 2007년도 법인세를 신고납부하였는데, 이에 대하여 과세관청이 갑 회사의 허위세금계산서 매입액 중 갑 회사가 제출한 유류의 실지매입사실을 인정한 금액을 제외한 매입액을 손금불산입하는 등 2004 사업연도부터 2007 사업연도까지의 법인세 부과처분을 한 사안에서, 제반 사정에 비추어 무자료 매입유량에 해당하는 필요경비금액에 대한 증명책임이 과세관청에게 있음을 전제로, 위 처분이 위법하다고 본 원심판결에 법리오해의 위법이 있다고 한 사례
◆ 대법원 2011.4.28. 선고 2010두28076 판결 [법인세부과처분취소]
♣ 원고, 피상고인 / 원고 주식회사
♣ 피고, 상고인 / 평택세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2010.11.24. 선고 2010누6689 판결
<주 문>
원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 누락수입에 대하여 실지조사결정에 의해 과세처분을 할 때에는 그 누락수입에 대응하는 별도비용의 지출이 있었다고 볼 증거가 없는 한 그 수입액 전체가 소득액에 가산되어야 하고 누락수입에 대응하는 비용도 신고누락되었다는 점에 관하여는 그 별도의 공제를 구하는 납세의무자가 주장·증명하도록 하는 것이 경험칙과 형평의 원칙에 부합할 것이다(대법원 1992.7.28. 선고 91누10695 판결, 대법원 2003.11.27. 선고 2002두2673 판결 등 참조). 또한 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 1995.7.14. 선고 94누3407 판결, 대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조).
2. 원심은, 제1심이 채택한 을 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이 사건 조사기간 동안 원고의 매출유량은 56,158㎘이고 매입유량은 36,961㎘이어서 그 차이인 19,197㎘만큼은 원고가 무자료로 이를 매입하였다고 인정한 다음, 주로 준설선 등 선박에 유류를 공급하는 업을 목적으로 하는 원고의 특성상 매출이 발생하기 위해서는 필연적으로 그에 상응하는 매입이 존재할 것이고 그에 따른 필요경비의 발생 또한 경험칙상 명백한데도 피고가 실지조사나 추계조사의 방법에 의하여 위 무자료 매입유량에 해당하는 필요경비금액에 대한 아무런 입증을 하지 않은 채 그 필요경비를 영으로 하여 이 사건 각 사업연도 법인세 부과처분을 한 것은 위법하다고 판단하였다.
그러나 위 을 제7호증에 의하면, 원심이 인정한 매출유량 56,158㎘는, 이 사건 법인세 부과처분과 관련된 2006 사업연도와 2007 사업연도(이하 ‘이 사건 각 사업연도’라 한다)의 전체 매출유량이 아니라, 조사대상기간인 2004 사업연도부터 2007 사업연도까지의 ‘벙커유’ 매출유량에 대한 것임을 알 수 있고, 원심이 인정한 매입유량 36,961㎘도 원고가 제출한 자료에 의해 확인된 위 조사기간 동안의 매입유량이 그 정도라는 것일 뿐 이를 이 사건 법인세 부과처분에 있어 매출원가로 계상된 금액 전체에 상당한 매입유량으로 보기는 어려우므로, 이러한 사실관계만으로는 이 사건 법인세 부과처분과 관련하여 원고가 매출한 유류의 종류별 각 수량과 신고한 매출원가 중 피고가 인정한 유류의 종류별 각 수량이 특정되었다고 볼 수가 없어 필요경비에 해당하는 무자료 매입유량이 있다고 단정할 수 없을 것이다. 그럼에도 원심이 위 매출유량과 매입유량의 차이인 19,197㎘에 해당하는 무자료 매입유량이 있다고 보고 그에 상당한 필요경비의 발생이 경험칙상 명백하다고 판단한 데에는 비용의 증명에 관한 관련 법리를 잘못 적용한 나머지 논리와 경험칙에 반하고 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 있다고 하지 않을 수 없다.
또한 원심이 유지한 제1심의 채택 증거들에 의하면, 원고가 이 사건 법인세의 과세표준 및 세액을 신고하면서 비용으로 신고한 매입유량 중 상당 부분에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것으로 판명되자 피고는 그 중 실지매입이 인정되지 아니한 매입금액 상당액의 필요경비 산입을 부인하여 이 사건 법인세 부과처분에 이른 사실 등을 알 수 있고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 사업연도에 매출원가로 인정되지 않은 무자료 매입유량이 있다고 단정짓기 어려운 이상 원고 주장의 유류매입비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 원고가 위 허위 세금계산서상 공급자가 아닌 다른 공급자로부터 유류를 공급받아 그 비용을 지출하였음을 증명하여야 할 것이므로, 원심이 위 무자료 매입유량에 해당하는 필요경비금액에 대한 증명책임이 피고에게 있음을 전제로 이 사건 법인세 부과처분이 위법하다고 판단한 데에는 법인세법상 비용공제 등에 관한 법리를 오해한 위법이 있다.
위와 같은 점들을 지적하는 상고이유는 이유 있다.
3. 그러므로 나머지 상고이유에 대하여 판단할 필요 없이 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 이상훈(재판장) 김지형 전수안(주심) 양창수