<판결요지>
구 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제4조의 중소기업투자준비금이나 제9조의 연구 및 인력개발준비금은 장래의 일정한 과세기간까지 사업용 자산의 개체 또는 신규취득이나 연구 및 인력개발 등에 소요될 비용에 충당하기 위하여 설정하는 것으로서, 이를 손금으로 계상한 경우에는 일정한 금액 범위 안에서 실제 지출 여부를 묻지 않고 그 사업연도의 소득금액 계산 시 손금에 산입되었다가 나중에 위 각 규정에서 정한 바에 따라 일정 과세기간에 걸쳐 균등하게 안분하여 환입되거나 일시에 환입되게 된다. 결국, 이러한 준비금은 일정한 정책적 목적을 달성하기 위하여 먼저 설정 사업연도의 소득금액 계산 시 이를 가공의 손금으로 산입하였다가 나중에 환입되는 사업연도에 그 환입액을 가공의 익금으로 산입하는 방법으로 일정 기간 동안 조세부과를 유예해 주기 위한 것에 불과하므로, 그 설정과 환입에 따른 손금이나 익금은 당해 법인의 손익이나 그 주식의 가치에 아무런 영향을 미칠 수 없음이 분명하다. 따라서 이처럼 가공의 익금에 불과한 조특법 제4조 및 제9조의 준비금 환입액을 각 사업연도 소득에 가산하여 1주당 순손익가치 산정의 기초가 되는 ‘순손익액’을 산정하는 것은 허용되지 않는다[구 상속세 및 증여세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 것) 제56조제3항 후문은 각 사업연도 소득 계산 시 손금에 산입된 충당금 또는 준비금이 세법의 규정에 따라 일시 환입되는 경우에는 당해 금액이 환입될 연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도 소득에 가산하도록 규정하고 있으나, 이는 조특법 제4조 및 제9조의 준비금 환입액과는 달리 그 성질이 가공의 익금에 해당하지 아니하는 충당금 또는 준비금이 일시 환입되는 경우의 특례를 정한 것으로 보아야 한다].
◆ 대법원 2013.11.14. 선고 2011두22280 판결 [법인세부과처분취소]
♣ 원고, 피상고인 / ○○아이 주식회사
♣ 피고, 상고인 / 남대문세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2011.8.17. 선고 2011누2110 판결
<주 문>
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 구 상속세 및 증여세법(2007.12.31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제60조는 제1항에서 상속재산과 증여재산의 가액은 평가기준일 현재의 시가에 의하도록 규정하는 한편, 제2항에서 ‘시가’의 의미를 ‘불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액’으로 정의하고, 제3항에서 시가를 산정하기 어려운 경우에는 당해 재산의 종류·규모·거래상황 등을 감안하여 제61조 내지 제65조에 규정된 보충적 평가방법에 의하여 평가한 가액에 의하도록 규정하고 있다. 그리고 비상장주식의 보충적 평가방법을 규정한 상증세법 제63조제1항제1호 (다)목은 ‘비상장주식은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다’고 규정하고, 그 위임에 따른 구 상속세 및 증여세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법 시행령’이라 한다) 제54조제1항, 제2항은 비상장주식의 1주당 가액은 원칙적으로 1주당 순손익가치(1주당 최근 3년간의 ‘순손익액’의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율)와 1주당 순자산가치(당해 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수)를 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의하도록 규정하고 있다.
한편 상증세법 시행령 제56조제3항은 그 전문에서 1주당 순손익가치 산정의 기초가 되는 순손익액은 ‘법인세법 제14조 규정에 의한 각 사업연도 소득에 그 제1호의 규정에 의한 금액을 가산한 금액에서 그 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액’에 의하도록 규정하고 있는데, 이는 당해 법인의 순자산을 증가시키는 수익의 성질을 가졌지만 조세정책상의 이유 등으로 각 사업연도 소득금액 계산 시 익금불산입된 금액 등(제1호)을 가산하고, 그와 반대로 당해 법인의 순자산을 감소시키는 손비의 성질을 가졌지만 역시 조세정책상의 이유 등으로 각 사업연도 소득금액 계산 시 손금에 손금불산입된 금액 등(제2호)을 차감하여 ‘순손익액’을 산정함으로써 평가기준일 현재의 주식가치를 보다 정확히 파악하기 위한 것이다.
그런데 이 사건에서 문제 되는 구 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제4조의 중소기업투자준비금이나 제9조의 연구 및 인력개발준비금은 장래의 일정한 과세기간까지 사업용 자산의 개체 또는 신규취득이나 연구 및 인력개발 등에 소요될 비용에 충당하기 위하여 설정하는 것으로서, 이를 손금으로 계상한 경우에는 일정한 금액 범위 안에서 실제 지출 여부를 묻지 않고 그 사업연도의 소득금액 계산 시 손금에 산입되었다가 나중에 위 각 규정에서 정한 바에 따라 일정 과세기간에 걸쳐 균등하게 안분하여 환입되거나 일시에 환입되게 된다. 결국, 이러한 준비금은 일정한 정책적 목적을 달성하기 위하여 먼저 설정 사업연도의 소득금액 계산 시 이를 가공의 손금으로 산입하였다가 나중에 환입되는 사업연도에 그 환입액을 가공의 익금으로 산입하는 방법으로 일정 기간 동안 조세부과를 유예해 주기 위한 것에 불과하므로, 그 설정과 환입에 따른 손금이나 익금은 당해 법인의 손익이나 그 주식의 가치에 아무런 영향을 미칠 수 없음이 분명하다.
따라서 이처럼 가공의 익금에 불과한 조특법 제4조 및 제9조의 준비금 환입액을 각 사업연도 소득에 가산하여 1주당 순손익가치 산정의 기초가 되는 ‘순손익액’을 산정하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다(상증세법 시행령 제56조제3항 후문은 각 사업연도 소득 계산 시 손금에 산입된 충당금 또는 준비금이 세법의 규정에 따라 일시 환입되는 경우에는 당해 금액이 환입될 연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도 소득에 가산하도록 규정하고 있으나, 이는 이 사건에서 문제 되는 조특법 제4조 및 제9조의 준비금 환입액과는 달리 그 성질이 가공의 익금에 해당하지 아니하는 충당금 또는 준비금이 일시 환입되는 경우의 특례를 정한 것으로 보아야 할 것이다).
2. 같은 취지에서 원심이, 피고가 비상장법인인 ○○ 주식회사가 조특법 제4조 및 제9조에 따라 설정하였다가 균등하게 환입한 이 사건 준비금의 환입액을 가산하여 위 회사 주식의 1주당 순손익가치를 산정한 다음, 그에 기초하여 계산한 위 회사 주식의 1주당 가액을 기준으로 원고의 이 사건 주식 양도가 법인세법 시행령 제88조제1항제3호가 규정한 부당행위계산의 유형인 ‘저가양도’에 해당한다고 보아 한 이 사건 처분이 위법하다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 비상장주식의 보충적 평가방법에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 이인복(재판장) 민일영 박보영 김신(주심)