<판결요지>
[1] 구 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제81조의3 제1항, 제2항 규정과 그 취지에 비추어 볼 때, 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다.
[2] 부동산신축판매업자 갑이 상가의 45개 점포를 분양한 후 부가가치세를 신고한 후 갑에 대한 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없어 조세탈루의 혐의를 내부감사결과 발견하여 국세청장이 재조사를 지시한 사안에서, 구 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제81조의3 제2항에 의하여 재조사가 허용되는 예외적인 경우에 해당한다고 볼 수 없다고 한 사례.
◆ 대법원 2011.1.27. 선고 2010두6083 판결 [부가가치세부과처분취소]
♣ 원고, 상고인 / 원고
♣ 피고, 피상고인 / 고양세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2010.2.17. 선고 2009누2841 판결
<주 문>
원심판결 중 2003년 제2기분 부가가치세 207,021,129원의 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 가. 구 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의3 제1항은 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니 된다.”고 규정하고 있고, 제2항은 “세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”고 규정하고 있으므로, 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 허용되지 않는다고 하겠다. 이러한 규정 등과 그 취지에 비추어 볼 때, 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며(대법원 2010.12.23. 선고 2008두10461 판결 참조) 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다고 할 것이다.
나. 원심판결 이유에 의하면, 원고는 부동산신축판매업자로서 2003년부터 2004년에 걸쳐 고양시 덕양구 성사동에 있는 이 사건 상가의 45개 점포를 분양한 후 부가가치세 및 종합소득세를 신고한 사실, 중부지방국세청장은 2005.10.10.부터 12.9.까지 원고의 2002 사업연도 내지 2004 사업연도에 대한 개인통합조사(이하 ‘최초 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 그 결과 원고가 분양수입금액 732,280,000원의 신고를 누락하고 필요경비에 11,437,000원을 과다산입한 사실을 밝혀내어 피고에게 과세자료와 함께 통보한 사실, 이에 피고는 원고에 대하여 2003년 제1기분 부가가치세 27,907,290원, 2003년 제2기분 부가가치세 37,991,150원, 2004년 제2기분 부가가치세 1,524,040원을 각 증액경정하기로 결정·고지한 사실, 국세청장은 중부지방국세청에 대하여 종합감사를 실시한 후 ‘원고가 상가 신축분양과 관련한 과세·면세겸영 사업자임에도 공통매입세액의 안분계산을 누락하고 분양대행수수료를 과다계상한 혐의가 있다’는 등의 이유로 중부지방국세청장에게 원고에 대한 재조사를 지시한 사실, 이에 중부지방국세청장은 2006.9.4.부터 9.13.까지 2002 사업연도 내지 2004 사업연도에 대한 개인통합조사(이하 ‘2차 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 그 결과 원고가 과세·면세겸영 사업자임에도 분양대행수수료에 대한 매입세액 중 면세사업에 해당하는 매입세액까지 공제받았고(2003년 제1, 2기), 소외인으로부터 수취한 세금계산서(2003년 제2기, 2004년 제2기)와 2003년 제2기 부가가치세 수정신고시 제출한 세금계산서(2003년 제2기)가 사실과 다른 세금계산서라는 사실을 적발하여 피고에게 과세자료와 함께 통보한 사실, 피고는 위 통보에 따라 다시 2006.12.7. 원고에게 2003년 제1기분 부가가치세 27,268,580원, 2003년 제2기분 부가가치세 271,793,100원, 2004년 제2기분 부가가치세 24,837,970원을 각 증액경정하는 이 사건 부과처분을 한 사실, 그 후 이 사건 전심절차인 심판청구에서 소외인이 독립된 사업자라는 원고의 주장이 받아들여짐에 따라 피고는 2003년 제2기분 부가가치세를 207,021,129원으로 감액결정하고, 2004년 제2기분 부가가치세 24,837,970원을 취소결정한 사실 등을 알 수 있다.
이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴 보면, 우선 이 사건 부과처분 중 원고가 과세·면세겸영 사업자임에도 공통매입세액 전액을 매입세액으로 공제한 것은 잘못이라는 이유로 공통매입세액 중 면세사업에 해당하는 부분의 매입세액을 불공제한 부분(2003년 제1기분 부가가치세 27,268,580원 및 2003년 제2기분 부가가치세 207,021,129원 중 일부)은, 2차 세무조사와는 무관하게 당초 경정처분의 오류를 경정한 것뿐이어서, 2차 세무조사가 위법한지 여부와 상관없이 적법하다고 할 것이므로, 원심이 비록 그 이유의 설시는 달리하였으나 그 부분 부과처분이 적법하다고 본 원심의 결론은 정당하다.
그러나 2003년 제2기분 부가가치세 중 그 나머지 부분에 관하여는, 국세청장은 중부지방국세청이 원고에 대한 최초 세무조사에서 획득한 자료만에 의하여 원고가 분양대행수수료를 과다계상한 혐의, 즉 조세탈루의 혐의가 있다는 이유로 중부지방국세청장에게 원고에 대한 재조사를 지시한 것으로 보이고 달리 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’가 새로 밝혀졌다는 등의 사정은 알아볼 수 없으므로, 구 국세기본법 제81조의3 제2항에 의하여 재조사가 허용되는 예외적인 경우에 해당한다고 볼 수 없다.
이와 달리 원심은 그 인정과 같은 사정만으로 ‘조세탈루의 혐의가 인정될 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당한다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 재조사금지에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있고, 이를 지적하는 상고이유는 이유 있다(다만, 이 부분 위법한 세액을 기록상 특정할 수 없어, 그 전부가 파기될 수밖에 없다).
2. 소 각하된 부분에 관하여는 구체적 상고이유의 기재가 없어, 이 부분 상고는 기각하기로 한다.
3. 그러므로 원심판결 중 2003년 제2기분 부가가치세 207,021,129원의 부과처분에 관한 부분을 파기하고 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 양승태(재판장) 김지형 전수안(주심) 양창수