<판결요지>
[1] 법인의 각 사업연도의 소득금액을 산정함에 있어서 공제하여야 할 손비의 구체적인 항목에 관한 입증은 그 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 그 입증의 필요를 돌리는 경우가 있으나, 그와 같은 경우란 과세관청에 의하여 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증된 경우 등을 가리키는 것으로, 그에 관한 입증이 전혀 없는 경우에까지 납세의무자에게 곧바로 손비에 대한 입증의 필요를 돌릴 수는 없다.
[2] 과세연도의 제품매출액, 기초제품재고액 및 기말제품재고액에 비추어 제품제조원가가 존재함이 분명한 경우, 실지조사나 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서는 제품제조원가에 대한 입증책임이 과세관청에게 있고, 이보다 많은 제품제조원가를 주장하는 경우에만 납세의무자에게 입증의 필요가 있다고 한 사례.
◆ 대법원 1999.1.15. 선고 97누15463 판결[법인세부과처분취소]
♣ 원고, 피상고인 / ○○건설 주식회사
♣ 피고, 상고인 / 송파세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 1997.8.20. 선고 96구45612 판결
<주 문>
상고를 기각한다. 상고비용은 피고의 부담으로 한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 행정처분의 확정력과 관계된 상고이유에 대하여
일반적으로 행정처분이 불복기간의 경과로 인하여 확정될 경우 그 확정력은 그 처분으로 인하여 법률상 이익을 침해받은 자가 당해 처분의 효력을 더이상 다툴 수 없다는 의미일 뿐, 더 나아가 판결에 있어서와 같은 기판력이 인정되는 것은 아니어서 그 처분의 기초가 된 사실관계나 법률적 판단이 확정되고 당사자들이나 법원이 이에 기속되어 다른 행정처분에 대한 소송에서 그와 모순되는 주장이나 판단을 할 수 없게 되는 것은 아니라는 것이 대법원의 판례이다(대법원 1993.4.13. 선고 92누17181 판결, 1994.11.8. 선고 93누21927 판결 등 참조).
그러므로 원심판결 이유에서 보는 바와 같이 이 사건 소득금액계산에 있어 제품제조원가의 손금산입을 부인하여 한 1990 사업연도에 대한 과세처분이 불복기간의 경과로 확정되었다고 하더라도 그 확정력은 위 처분의 효력을 더이상 다툴 수 없다는 의미일 뿐 그 제품제조원가가 0원이라는 내용의 사실관계까지 확정되는 것은 아니라 할 것이므로, 이 사건 처분인 1991 사업연도에 대한 과세처분의 위법을 다투는 소송에서 전기이월결손금의 유무를 다툼에 있어 그 전제가 되는 위 제품제조원가의 손금산입부인의 적법 여부를 다툴 수 있다 할 것이다.
원심이 같은 취지에서 1991 사업연도의 전기이월결손금의 유무를 다툴 수 있다고 본 조치는 그 전제인 1990 사업연도의 소득금액 계산에 있어 제품제조원가의 손금산입의 적법 여부를 다툴 수 있다고 본 결과로서 이는 위 판례의 법리에 따른 것으로 정당하고, 거기에 상고이유에서 지적하는 바와 같은 법리오해나 판례위반의 잘못이 없다. 이 점을 지적하는 상고이유는 받아들일 수 없다.
2. 손비에 관한 입증책임 및 심리미진 등의 상고이유에 대하여
법인의 각 사업연도의 소득금액을 산정함에 있어서 공제하여야 할 손비의 구체적인 항목에 관한 입증은 그 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 그 입증의 필요를 돌리는 경우가 있음은 피고가 상고이유에서 지적하는 바와 같으나, 그와 같은 경우란 과세관청에 의하여 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증된 경우 등을 가리키는 것으로, 그에 관한 입증이 전혀 없는 경우에까지 원고에게 곧바로 손비에 대한 입증의 필요를 돌릴 수는 없다고 할 것인데, 원심판결 이유와 기록에 의하면, 이 사건 1990 사업연도의 제품매출액 96,288,913원에 대한 제품매출원가로서 기초제품재고액이 54,463,960원이고 기말제품재고액이 0원이어서 당기제품제조원가가 존재함이 분명하여, 이 사건의 경우에 있어서는 이에 대한 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하기는 하나, 제품제조원가가 0원이라고 볼 수 없을 것이므로, 이러한 경우에는 실지조사에 의하든가 실지조사가 불가능한 경우에 시행하는 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서는 과세처분의 적법성에 대한 원칙적인 입증책임을 부담하는 피고가 그 금액을 입증하여야 하고, 납세의무자가 이보다 많은 제품제조원가를 주장하는 경우에 비로소 납세의무자에게 그 입증의 필요가 돌아간다고 볼 것이다.
그런데 기록에 비추어 살펴보면, 피고가 위와 같은 방법에 의하여 산정이 가능한 제품제조원가에 관하여 아무런 입증을 하지 않고 있음이 분명하므로 결국 이 사건 처분은 전부 취소될 수밖에 없고, 따라서 이와 결론을 같이한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 입증책임의 분배에 관한 법리오해의 위법이나 심리미진의 위법이 있다고 할 수 없으며, 그 밖에 나머지 상고이유는 원고에게 제품제조원가에 대한 일차적인 입증책임이 있음을 전제로 사실심의 전권인 증거의 취사선택과 사실의 인정을 비난하는 것에 불과한 것으로 적법한 상고이유가 될 수 없다. 이 점에 관한 상고이유는 모두 받아들일 수 없다.
3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 상고인인 피고의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.
대법관 조무제(재판장) 정귀호 이용훈(주심)