【서울행정법원 2024.6.27. 선고 2022구합68954 판결】
• 서울행정법원 제5부 판결
• 사 건 / 2022구합68954 부가가치세경정거부처분취소
• 원 고 / A
• 피 고 / 남대문세무서장
• 변론종결 / 2024.03.21.
• 판결선고 / 2024.06.27.
<주 문>
1. 피고가 2021.9.30. 원고에게 한 별지 목록 기재 각 부가가치세 경정청구 거부처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
<청구취지>
주문과 같다.
<이 유>
1. 처분의 경위
가. 원고는 금융지주회사법에 따라 설립되어, 자회사 등의 지배 또는 경영관리 등을 주된 목적사업으로 영위하고 있다. 원고는 위와 같은 업무를 수행하면서 브랜드사용료매출과 자회사 등에 대한 자금지원(이하 ‘이 사건 자금지원 용역’이라 한다)에 따른 대여이자(이하 ‘이 사건 대여이자’라 한다)를 얻고 있다.
나. 원고는 2018.7.경 및 2019.1.경 피고에게 브랜드사용료 매출에 관한 2018년 제1기, 제2기(이하 ‘이 사건 과세기간’이라 한다) 부가가치세를 신고·납부하였다. 이때 원고는 ① 브랜드사용료 매출에 직접 대응되는 브랜드광고 선전비, 브랜드수수료 산정 용역비 등에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제하고, ② 이 사건 자금지원 용역을 위한 차입 비용 등에 관한 매입세액은 면세사업 등에 관한 것이라는 이유로 공제대상에서 제외하였으며, ③ 그 외에 사무실 유지를 위한 각종 경비 등에 관한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로서, 그중 면세사업 등의 공급가액에 상응하는 부분은 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조제1항에 따라 총 공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분하여 계산한 후 이를 공제대상에서 제외하되, 이 사건 대여이자 전부를 면세공급가액으로 산정하였다.
다. 그런데 원고는 2021.7.26. 피고에게 이 사건 매입세액 중 위 ③항에 따라 공제되지 아니한 부분 상당의 별지 목록 기재 각 부가가치세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였다. 그 주된 이유는 ‘이 사건 대여이자는 면세사업 등과 관련한 수입금액으로 볼 수 없으므로, 이 사건 매입세액 중 매출세액에서 공제되지 아니하는 부분을 계산할 때, 이 사건 대여이자를 면세공급가액으로 산정하여서는 아니 된다’는 것이다.
라. 그러나 피고는 2021.9.30. 원고에게 ‘이 사건 대여이자를 면세공급가액에 포함한 후 이 사건 매입세액 중 공제되지 아니하는 부분을 계산하는 것이 맞다’는 이유로 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
마. 이 사건과 관련된 법령은 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다. <별지 생략>
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제 1내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
가. 원고 주장의 요지
이 사건 자금지원 용역의 공급은 부가가치세가 과세되지 아니하는 영역, 즉 비과세 사업에 해당한다. 그리고 이 사건 대여이자는 이 사건 자금지원 용역의 공급과 관련되어 있기는 하지만, 그 전부가 위 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없고 그 대가 부분이 특정되지도 않는다. 그런데도 피고는 이 사건 대여이자가 이 사건 자금지원 용역의 공급가액에 전부 포함된다는 취지에서 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
나. 관계 규정의 내용
부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조제1항제7호는 면세사업 등(같은 법 제29조제8항에 따르면, 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다. 이하 같다)과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제40조는 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따르되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액, 즉 공통매입세액은 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 ‘공통매입세액 안분기준’이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다고 규정하고 있다.
그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제81조제1항은 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영하여 공통매입세액이 있는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 일정한 경우를 제외하고 ‘공통매입세액 × 면세공급가액 / 총 공급가액’의 계산식에 따라 안분하여 계산하되, 다만 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업 등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업 등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 시행령 제81조제4항 본문은 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율(제1호), 총 예정공급가액에 대한 면세사업 등에 관련된 예정공급가액의 비율(제2호), 총 예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율(제3호)의 순서에 따른다고 규정하고 있다.
다. 구체적 판단
1) 부가가치세법 제40조 및 그 시행령 제81조의 적용
대법원은 ‘원고가 2009년 제2기부터 2012년 제2기까지의 과세기간 동안 자회사 등에 이 사건 자금지원 용역을 공급한 것은 면세사업이 아니라 비과세사업에 해당한다’고 판단하였다(대법원 2019.1.17. 선고 2015두60662 판결, 이하 ‘관련 판결’이라 한다). 그 후로 원고의 지위, 사업구조나 이 사건 자금지원 용역 및 그와 관련하여 받은 이 사건 대여이자의 형태, 성격 등이 변동되었다고 볼 만한 사정이 없으므로, 원고가 이 사건 과세기간 동안 자회사 등에 이 사건 자금지원 용역을 공급한 것은 여전히 비과세사업에 해당한다고 봄이 타당하다.
그리고 부가가치세법 제39조제1항제7호는 비과세사업이 포함된 면세사업 등과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있으므로, 원칙적으로 이 사건 매입세액 중 이 사건 자금지원 용역의 공급과 관련된 부분은 과세사업인 브랜드사용 용역으로 인한 매출세액에서 공제할 수 없다. 그런데 이 사건 매입세액이 과세사업인 브랜드사용 용역과 면세사업 등인 이 사건 자금지원 용역 중 어디에 얼마만큼 귀속되는 것인지를 구분할 수 없어 공통매입세액에 해당한다는 점에 관해서는 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 매입세액 중 매출세액에서 공제하는 부분과 공제하지 아니하는 부분은 부가가치세법 제40조, 그 시행령 제81조에서 정한 공통매입세액 안분기준에 따라 계산하여야 한다.
2) 부가가치세법 시행령 제81조제1항의 적용 가부
가) 부가가치세법 시행령 제81조제1항은 총 공급가액에 대한 면세공급가액, 즉 면세사업 등에 대한 공급가액의 비율에 따라 안분하여 면세사업 등에 관련된 매입세액을 계산하도록 하고 있다. 부가가치세법 제29조제1항제1호는 금전으로 대가를 받는 경우 그 대가를 공급가액으로 한다고 정하고 있으므로, 면세사업 등에 대한 공급가액이 무엇인지를 정할 때에도 해당 용역의 공급과 상대방으로부터 받은 금전 사이에 대가관계가 있는지를 따져보아야 한다. 그런데 대법원은 관련 판결에서 ‘이 사건 대여이자 산정의 근거가 된 원고의 지침에는 조달금리, 조달부대비용, 대손충당금 적립비율, 업무원가만을 더한 금액을 대출이자율로 정하고 있고, 거기에 별다른 수수료 명목의 금전이 포함되어 있지 않다는 사실관계에 비추어, 이 사건 대여이자는 그 전부가 이 사건 자금지원 용역의 공급에 대한 대가로는 볼 수 없다’고 판단하였다. 이 사건에서도 여전히 이 사건 대여이자 중 이 사건 자금지원 용역의 공급에 대한 대가라고 인정할 수 있는 부분이 특정되지 않으므로, 결국 면세사업 등의 공급가액을 확정할 수 있을 때 적용할 수 있는 부가가치세법 시행령 제81조제1항은 이 사건 매입세액 중 공제되지 아니하는 부분을 계산할 때에는 적용될 수 없다.
나) 이에 대하여 피고는 ‘이 사건 대여이자는 이 사건 자금지원 용역의 공급과 관련하여 받았으나 부가가치세법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액으로서 부가가치세법 시행령 제81조제1항 단서 괄호 부분(이하 ‘이 사건 괄호부분’이라 한다)에 따라 면세공급가액에 포함된다’고 주장한다.
살피건대, 보조금은 일반적으로 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가 등이 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금, 부담금, 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금 등이라고 정의할 수 있다(보조금 관리에 관한 법률 제2조제1호 참조). 그리고 부가가치세법 제29조제5항제4호가 ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금을 공급가액에 포함하지 아니한다’고 규정한 것은 위와 같은 보조금이 원칙적으로 특정 용역의 공급과 대가관계에 있지 않기 때문이라고 볼 수 있다.
그런데 이 사건 괄호부분은 위와 같은 국고보조금, 공공보조금도 면세공급가액에 포함시키고 있으므로, 위 괄호부분은 부가가치세법에서 정한 ‘공급가액’의 개념을 예외적으로 확대하는 의미를 가진다. 한편, 부가가치세법 제40조의 취지는 공통매입세액 중 공제되는 부분과 공제되지 아니하는 부분을 가려낼 때 원칙은 실지귀속에 따르되, 이를 구분할 수 없는 경우 법규명령인 부가가치세법 시행령 제81조에서 미리 열거한 방식과 순서에 따라 합리적으로 안분한다는 것이다(대법원 2012.11.29. 선고 2010두4810 판결 참조). 이처럼 부가가치세법 시행령 제81조에서 정한 공통매입세액의 안분기준을 따르면 실질과는 달리 공통매입세액 중 더 공제되거나 덜 공제되는 부분이 불가피하게 발생하므로, 위 안분기준에 관한 문언은 보다 엄격하게 해석되어야 하고, 납세의무자나 과세관청 어느 한쪽에 유리하게 유추해석하거나 확장해석할 수는 없다.
결국 이 사건 괄호부분은 법문 그대로 부가가치세법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금, 공공보조금 및 이와 지급주체, 목적, 성격 등이 유사한 금액만을 면세공급가액에 포함시키는 규정으로 보아야 한다. 이와 달리, 피고 주장대로 단순히 면세사업 등과 관련성만을 가진다거나 그에 대한 대가관계가 특정되지 아니하는 돈이 모두 위 규정에 의해 면세공급가액에 포함된다고 볼 수는 없다.
3) 소결론
부가가치세법 시행령 제81조제1항에 따라 공급가액 비율에 의한 공통매입세액 안분기준을 적용할 수 없는 경우에는 부가가치세법 시행령 제81조제4항에 따라 매입가액비율, 예정공급가액비율, 예정사용면적비율의 순서대로 안분계산을 하여야 한다(위 2010두4810 판결 참조). 한편, 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당 세액의 초과 여부에 따라 판단하고, 당사자는 사실심 변론 종결까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있으나, 이러한 자료에 의해서도 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고(대법원 1995.4.28. 선고 94누13527 판결 등 참조), 이러한 법리는 특별한 사정이 없는 한 거부처분 취소소송에서도 마찬가지로 적용된다.
앞서 본 것처럼, 이 사건 매입세액에 대해서는 면세공급가액을 확정할 수 없어 부가가치세법 시행령 제81조제1항에서 정한 공통매입세액 안분기준이 적용될 수 없음에도, 이 사건 처분은 위 기준을 적용하여 계산한 세액에 기초한 것이어서 위법하다.
그 밖에 제출된 자료들만으로는 부가가치세법 시행령 제81조제4항에서 정한 공통매입세액 안분기준을 적용하여 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 결국 이 사건 처분은 그 전부가 취소되어야 한다.
3. 결론
원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.