<판결요지>
[1] 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항 본문(이하 ‘특례조항’이라 한다)의 문언과 체계, 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 특례조항은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다. 따라서 특례조항 전단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다.
[2] 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 본문(이하 ‘특례조항’이라 한다) 후단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후의 양도’의 경우에는 특례조항 후단에서 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 구체적인 계산방법을 정하지 아니한 채 대통령령으로 정하도록 위임하고 있으므로(구 조세특례제한법 제99조의3 제4항), 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항, 제40조제1항의 규정에 따라야 할 것이다. 그런데 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조제1항은 전체 양도소득금액 중 신축주택의 취득일 이후에 발생한 양도소득금액, 즉 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 구분하여 산정하는 방법을 별도로 정하지 아니한 채 단지 ‘양도소득금액’에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분’에서 차지하는 비율을 곱하여 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하도록 규정하고 있을 뿐이다. 그리고 소득세법상으로도 양도소득금액은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통하여 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있다. 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조제1항에 의한 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하는 ‘양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)’의 산식(이하 ‘위 산식’이라 한다)을 비롯한 관련 규정의 문언 및 체계, 특례조항의 취지 등에 비추어 보면, 위 산식 중 ‘양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액’을 의미하고, ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’는 모두 신축주택의 ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’를 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 특례조항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 ― 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 ― 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 계산하여야 한다.
[3] 임대주택법 제2조제2호에 따른 건설임대주택(이하 ‘건설임대주택’이라 한다)과 임대주택법 제2조제3호에 따른 매입임대주택(이하 ‘매입임대주택’이라 한다)에 대하여는 구 종합부동산세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19253호로 개정되기 전의 것) 부칙(2005.5.31.) 제3조가 임대주택법에 의한 임대사업자등록에 관하여 특례를 두고 있는 것과 달리, 임대주택법 제6조의 규정에 의하여 등록한 임대사업자의 지위에서 2005.1.5. 이전부터 임대하고 있던 임대주택(이하 ‘기존임대주택’이라 한다)에 대하여는 그러한 특례를 정한 규정이 없으므로 임대주택법 제6조의 규정에 의하여 임대사업자가 임대사업용으로 등록한 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택(이하 ‘합산배제 임대주택’이라 한다)인 기존임대주택에 해당하기 위해서는 2005.1.5. 이전에 임대주택법에 의한 임대사업자등록을 마친 임대사업자의 지위에 있어야 한다. 그리고 위 부칙 제5조는 건설임대주택과 매입임대주택에 대하여는 임대를 개시한 날이 2005.1.5. 이전인 경우에도 2005.1.5.을 임대의무기간의 기산일로 간주하고 있으므로, 2005.1.5. 이전부터 임대를 개시하였다고 하더라도 건설임대주택의 경우에는 2005.1.5.부터 5년 이상, 매입임대주택의 경우에는 2005.1.5.부터 10년 이상 계속하여 임대하지 아니한 경우에는 합산배제 임대주택인 건설임대주택이나 매입임대주택에 해당하지 아니한다.
◆ 대법원 2014.12.11. 선고 2013두2273 판결 [종합부동산세등부과처분취소]
♣ 원고, 상고인 / 원고
♣ 피고, 피상고인 / 서초세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2012.12.21. 선고 2011누45193 판결
<주 문>
원심판결 중 각 양도소득세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 양도소득세 부과처분에 대하여
가. 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 본문(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)은 ‘거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고’(이하 ‘전단’이라 한다), ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다’(이하 ‘후단’이라 한다)고 규정하면서, 제1호에서 ‘주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택을 포함한다)’을, 제2호에서 ‘자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)’을 각각 들고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 제99조의3 제4항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항, 제40조제1항에 의하면 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 ‘양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)에 따라 계산한 금액으로 하도록 되어 있다.
나. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 1973.11.3. 이 사건 기존 주택을 취득한 후 이를 헐고 2003.4.4. 그 부지 위에 8세대로 구성된 다세대주택(이하 ‘이 사건 각 신축주택’이라 한다)을 신축한 사실, 원고는 2008.7.9.부터 2009.2.11.까지 이 사건 각 신축주택을 양도하고서, 이 사건 산식의 ‘양도소득금액’에 ‘전체 양도소득금액’을 대입하여 이 사건 특례조항 후단의 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산한 다음 이를 기초로 산정한 양도소득세를 신고·납부한 사실, 그런데 피고는 전체 양도소득금액 중 이 사건 각 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만이 이 사건 특례조항 후단에 의한 과세특례대상에 해당하고 이 사건 기존 주택의 취득일부터 이 사건 각 신축주택의 취득일 전에 발생한 양도소득금액은 이에 해당하지 아니한다는 이유로, 이 사건 각 신축주택의 취득가액을 환산가액에 의하는 등의 방법으로 전체 양도소득금액 중 ‘이 사건 각 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 구분하여 산정한 다음, 이를 이 사건 산식의 ‘양도소득금액’에 대입함으로써 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 - 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 의하여 이 사건 특례조항 후단의 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하고, 이를 기초로 양도소득세액을 산정하여 2010.6.8. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세 38,085,970원(가산세 포함) 및 2009년 귀속 양도소득세 28,284,070원(가산세 포함)을 증액하는 이 사건 양도소득세 부과처분을 한 사실 등을 인정하였다.
그런 다음 원심은, 이 사건 특례조항 후단은 신축주택을 그 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 과세대상 양도소득금액에서 차감되는 대상을 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 명확하게 규정하고 있으므로, 이 사건 특례조항 후단이 규정한 공제대상은 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득금액’에 한정되고 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액’은 이에 해당하지 않는다는 등의 이유로, 피고가 ‘이 사건 각 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 이 사건 산식에 대입하여 이 사건 특례조항 후단의 ‘신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하여 양도소득세액을 산정한 이 사건 양도소득세 부과처분이 적법하다고 판단하였다.
다. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 받아들일 수 없다.
(1) 이 사건 특례조항은 ‘취득일부터 5년 이내’에 신축주택을 양도하였는지를 기준으로 전단과 후단으로 나누어 과세특례의 내용을 다르게 규정하면서 그 전단에서는 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 특별히 명시하고 있지 않다. 또한 이 사건 특례조항은 재건축·재개발을 통하여 취득한 신축주택의 양도와 같이 ‘신축주택 취득일 전의 양도소득’이 양도소득세의 과세대상에 포함되는 경우를 감면대상으로 정하면서도 그 전단에서는 후단과 달리 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 채 양도소득세를 전액 감면한다고 규정하고 있을 뿐이다. 이러한 이 사건 특례조항의 문언과 체계, 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 특례조항은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다. 따라서 이 사건 특례조항 전단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다.
한편, 이 사건 특례조항 후단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후의 양도’의 경우에는 이 사건 특례조항 후단에서 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 구체적인 계산방법을 정하지 아니한 채 대통령령으로 정하도록 위임하고 있으므로(구 조세특례제한법 제99조의3 제4항), 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조제1항의 규정에 따라야 할 것이다. 그런데 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조제1항은 전체 양도소득금액 중 신축주택의 취득일 이후에 발생한 양도소득금액, 즉 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 구분하여 산정하는 방법을 별도로 정하지 아니한 채 단지 ‘양도소득금액’에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분’에서 차지하는 비율을 곱하여 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하도록 규정하고 있을 뿐이다. 그리고 소득세법상으로도 양도소득금액은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통하여 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있다. 이 사건 산식을 비롯한 관련 규정의 문언 및 체계, 앞서 본 이 사건 특례조항의 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 산식 중 ‘양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액’을 의미하고, ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’는 모두 신축주택의 ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’를 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 특례조항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 - 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 계산하여야 한다.
(2) 그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로, 피고가 법령상의 아무런 근거 없이 임의로 선택한 방법에 따라 전체 양도소득금액 중 이 사건 각 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 구분하여 산정한 다음, 이를 이 사건 산식의 ‘양도소득금액’에 대입하여 ‘이 사건 각 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하여 양도소득세액을 산정한 이 사건 양도소득세 부과처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 특례조항 후단이 정한 과세특례대상인 양도소득금액의 범위와 그 산정방법에 관한 법리를 오해한 위법이 있다.
2. 종합부동산세 부과처분에 대하여
가. 구 종합부동산세법(2005.1.5. 법률 제7328호로 제정되어 2005.12.31. 법률 제7836호로 개정되기 전의 것) 제7조제2항제1호는 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준 합산대상에 포함되지 아니하는 주택의 하나로 ‘임대주택법 제6조의 규정에 의하여 임대사업자가 임대사업용으로 등록한 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택’(이하 ‘합산배제 임대주택’이라 한다)을 들고 있다.
그 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18848호로 제정되어 2005.12.31. 대통령령 제19253호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조제1항은 합산배제 임대주택에 관하여 ‘임대주택법 제6조의 규정에 의하여 등록한 임대사업자(이하 ‘임대사업자’라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 의한 사업자등록(이하 ‘소득세법 등에 의한 사업자등록’이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘임대주택법 제2조제2호에 따른 건설임대주택’(이하 ‘건설임대주택’이라 한다)을, 제2호에서 ‘임대주택법 제2조제3호에 따른 매입임대주택’(이하 ‘매입임대주택’이라 한다)을, 제3호에서 ‘임대사업자의 지위에서 2005.1.5. 이전부터 임대하고 있던 임대주택’(이하 ‘기존임대주택’이라 한다)을 드는 한편, 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 ‘건설임대주택과 기존임대주택의 경우에는 2호 이상의 주택을 5년 이상 계속하여 임대하여야 하고, 매입임대주택의 경우에는 5호 이상의 주택을 10년 이상 계속하여 임대하여야 한다’고 규정하고 있다. 그리고 구 종합부동산세법 시행령 제3조제4항제1호는 위와 같은 임대의무기간에 관하여 건설임대주택과 기존임대주택의 임대기간은 임대사업자로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날부터, 매입임대주택의 임대기간은 임대사업자로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날부터 각 기산하도록 규정하고 있다.
한편 2005년도 합산배제 임대주택 등의 사업자등록 요건에 관한 특례를 규정하고 있는 구 종합부동산세법 시행령 부칙 제3조는 건설임대주택과 매입임대주택의 경우에는 ‘2005.12.15.까지 임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록(이하 ‘임대주택법에 의한 사업자등록’이라 한다) 및 소득세법 등에 의한 사업자등록을 하는 경우에는 2005년도 과세기준일 현재 임대주택법에 의한 사업자등록 및 소득세법 등에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다’(제1항)고 규정하고 있는 반면, 기존임대주택의 경우에는 ‘2005.12.15.까지 소득세법 등에 의한 사업자등록을 하는 경우에는 2005년도 과세기준일 현재 소득세법 등에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다’(제2항)고만 규정하여 임대주택법에 의한 사업자등록에 관한 특례를 배제하고 있다. 또한 위 부칙 제5조는 임대의무기간의 기산일에 관하여, 기존임대주택과 달리 건설임대주택과 매입임대주택의 경우 2호 또는 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날이 2005.1.5. 이전인 경우에는 2005.1.5.을 그 임대의무기간의 기산일로 보도록 규정하고 있다.
나. 이처럼 건설임대주택과 매입임대주택에 대하여는 구 종합부동산세법 시행령 부칙 제3조가 임대주택법에 의한 임대사업자등록에 관하여 특례를 두고 있는 것과 달리, 기존임대주택에 대하여는 그러한 특례를 정한 규정이 없으므로 합산배제 임대주택인 기존임대주택에 해당하기 위해서는 2005.1.5. 이전에 임대주택법에 의한 임대사업자등록을 마친 임대사업자의 지위에 있어야 한다. 그리고 위 부칙 제5조는 건설임대주택과 매입임대주택에 대하여는 임대를 개시한 날이 2005.1.5. 이전인 경우에도 2005.1.5.을 임대의무기간의 기산일로 간주하고 있으므로, 2005.1.5. 이전부터 임대를 개시하였다고 하더라도 건설임대주택의 경우에는 2005.1.5.부터 5년 이상, 매입임대주택의 경우에는 2005.1.5.부터 10년 이상 계속하여 임대하지 아니한 경우에는 합산배제 임대주택인 건설임대주택이나 매입임대주택에 해당하지 아니한다.
다. 원심이 인용한 제1심판결 이유에 의하면, 원고가 2003.6.30.부터 2004.2.4.까지 사이에 이 사건 각 신축주택의 임대를 개시하였다가 2008.7.9.부터 2009.2.11.까지 사이에 이를 모두 양도한 사실, 그런데 원고는 소득세법 제168조의 규정에 의한 사업자등록은 2003.10.21. 하였으나, 임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록은 2005.11.9. 비로소 한 사실 등을 알 수 있다.
이러한 사실관계를 위 규정과 법리에 따라 살펴보면, 원고가 2005.1.5. 이전에 임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 하지 아니한 이상 이 사건 각 신축주택은 합산배제 임대주택인 기존임대주택에 해당하지 아니한다. 그리고 원고는 구 종합부동산세법 시행령 부칙 제5조에 따라 임대의무기간의 기산일로 간주되는 2005.1.5.부터 5년 또는 10년 이상 계속하여 이 사건 각 신축주택을 임대하지 아니한 채 2009.2.11.까지 이를 모두 양도하였으므로, 이 사건 각 신축주택은 합산배제 임대주택인 건설임대주택이나 매입임대주택에도 해당하지 아니한다.
라. 원심이 같은 취지에서 이 사건 각 신축주택이 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 구 종합부동산세법 제7조제2항제1호에서 정한 합산배제 임대주택의 범위 또는 구 종합부동산세법 시행령 부칙 제3조제1항 등의 해석에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
3. 결론
그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 각 양도소득세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 이상훈(재판장) 신영철 김창석 조희대(주심)