<판결요지>
구 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제12조제1항제16호, 구 부가가치세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제37조제1호 후단 규정의 문언 내용과 취지, 그리고 관련 규정의 체계, 특히 법 제12조제1항제13호, 시행령 제35조제2호 (라)목, 구 부가가치세법 시행규칙(2008.4.22. 기획재정부령 제12호로 개정되기 전의 것) 제11조의3 제3항이 부가가치세 면제 대상의 하나로 ‘개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 공급하는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역’을 별도로 규정하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 법 제12조제1항제16호, 시행령 제37조제1호 후단의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역’의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정·보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다. 그리고 이러한 법리는 1999.12.31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 구 부가가치세법 시행령 제37조제1호 후단이 법 제12조제1항제16호의 위임에 따른 부가가치세의 면제 대상을 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 재화 및 용역’으로 규정하고 있었던 경우에도 마찬가지라고 할 것이다.
◆ 대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결 [부가가치세부과처분취소]
♣ 원고, 상고인 / 사단법인 한국○○과학연구소
♣ 피고, 피상고인 / ○○세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2011.1.18. 선고 2010누19937 판결
<주 문>
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 상고이유 제1점에 대하여
구 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제12조제1항제16호는 부가가치세 면제 대상의 하나로 ‘종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제37조는 “법 제12조제1항제16호에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.”고 규정하면서 그 제1호 후단에서 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역’을 들고 있다.
이들 규정의 문언 내용과 취지, 그리고 관련 규정의 체계, 특히 법 제12조제1항제13호, 시행령 제35조제2호 (라)목, 구 부가가치세법 시행규칙(2008.4.22. 기획재정부령 제12호로 개정되기 전의 것) 제11조의3 제3항이 부가가치세 면제 대상의 하나로 ‘개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 공급하는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역’을 별도로 규정하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 법 제12조제1항제16호, 시행령 제37조제1호 후단의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역’의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정·보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다. 그리고 이러한 법리는 1999.12.31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 구 부가가치세법 시행령 제37조제1호 후단이 법 제12조제1항제16호의 위임에 따른 부가가치세의 면제 대상을 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 재화 및 용역’으로 규정하고 있었던 경우에도 마찬가지라고 할 것이다.
원심은, (1) 원고가 1968.9.24. 행동과학 전반에 걸친 이론적, 실제적 연구를 통하여 인간능력의 개발과 각종 기관의 능률향상을 도모하여 국가 발전에 기여함을 목적으로 문교부장관의 허가를 받아 설립된 비영리 사단법인인 사실, 원고는 1999년 제2기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 일반 기업체들로부터 그 직원들의 인성·적성검사(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)를 의뢰받아 용역을 수행하고, 그 대가로 지급받은 4,449,359,321원을 부가가치세 면제 대상으로 보아 계산서를 발행·교부하고 이에 대하여 부가가치세 신고를 하지 않은 사실, 피고는 2006.12.11. 원고가 제공한 이 사건 용역에 대하여 원고에게 1999년 제2기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세 합계 745,459,450원을 결정·고지하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정한 다음, (2) 법 제12조제1항제16호, 시행령 제37조제1호 후단의 ‘학술연구단체가 학술연구와 관련하여 공급하는 용역’은 ‘새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등을 연구하는 용역’을 의미하는데, 판시와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 용역은 원고가 인성·적성검사에 관한 새로운 이론·방법 등의 학술연구를 하기 위하여 용역의뢰업체와 용역계약을 체결하고 인성·적성검사 등을 실시하여 그 결과를 보고한 것이라기보다는 개발된 검사기법 등을 응용 또는 이용하여 용역의뢰업체가 필요로 하는 용역을 제공하고 그 제공에 대한 대가를 지급받은 것으로 보이므로, 새로운 학술을 연구하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법 등에 관한 연구용역으로 볼 수 없어 법 제12조제1항제16호, 시행령 제37조제1호 후단이 규정한 부가가치세 면제 대상에 해당하지 않는다고 판단하였다.
원심판결 이유를 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 법 제12조제1항제16호, 시행령 제37조제1호 후단의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역이 ‘새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등을 연구하는 용역’에 한정된다고 본 것은 잘못이지만, 이 사건 용역이 원고의 기존 연구결과를 단순히 응용 또는 이용하여 공급하는 용역에 불과하여 위 규정에 의한 부가가치세 면제 대상에 해당하지 않는다고 본 결론은 정당하므로, 원심판결에 상고이유 주장과 같이 학술연구단체가 학술연구와 관련하여 공급하는 용역의 범위와 판단방법 등에 관한 법리를 오해하거나 심리미진, 판단누락 등으로 말미암아 판결에 영향을 미친 위법이 있다고 할 수는 없다.
2. 상고이유 제2점에 대하여
국세기본법 제18조제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다. 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2003.5.30. 선고 2001두4795 판결 참조).
원심은, 과세관청이 원고에 대하여 이 사건 처분 전에 이 사건 용역과 같은 용역에 대하여 부가가치세를 부과하지 않았다고 하더라도, 과세관청이 원고에 대하여 그러한 용역에 대한 부가가치세를 부과하지 않겠다는 공적 견해를 표명하지 않은 이상, 과세관청의 비과세관행이 성립되었다고 볼 수 없다고 판단하였다.
원심판결 이유를 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 위의 법리에 기초한 것으로서, 거기에 상고이유 주장과 같이 비과세관행에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
3. 상고이유 제3점에 대하여
세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).
적법하게 채택한 증거들에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 보고 그에 대한 부가가치세 신고를 하지 아니한 것은 관계 법령을 잘못 해석한 것에 기인한 것으로 보이므로, 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.
같은 취지의 원심판단에 상고이유 주장과 같이 세법상 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
4. 결론
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 신영철(재판장) 이상훈 김용덕(주심) 김소영