<판결요지>
[1] 구 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조제7항의 위임에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 정하기 위하여 공통매입세액의 안분계산방식 등을 규정한 구 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제61조제1항, 제4항은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항에 관하여 헌법 제75조에 따라 대통령이 발한 법규명령이라 할 것이고, 한편 시행령 제61조제1항, 제4항의 내용 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 위 각 규정은 거기서 정하고 있는 안분계산방식과 순서에 구애됨이 없이 언제든지 다른 방식으로 공통매입가액을 안분할 수 있는 예시규정에 불과한 것으로 볼 수는 없으므로, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 위 각 규정에서 정한 안분계산방식과 순서에 따르는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위 각 규정에 따라 안분계산하여야 한다.
[2] 과세사업과 면세사업을 겸영하는 갑 주식회사가 과세사업 및 면세사업에서 공급이 없어 매출가액이 전혀 발생하지 않았다는 이유로 과세사업에 관련된 매입세액을 산정하여 부가가치세 환급신고를 하였는데 과세관청이 갑 회사에 대한 현지확인 결과 과세사업에 관련된 매입세액이 전혀 없다는 이유로 초과환급신고가산세를 부과하자 갑 회사가 취소소송을 제기하여 과세사업에 관련된 토지 관련 매입가액이 구 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제61조제4항제1호의 ‘면세사업에 관련된 매입가액’에 포함되는지가 문제 된 사안에서, 구 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조제2항제4호의 토지 관련 매입세액은 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’을 말하는 것으로서(시행령 제60조제6항), 이는 법 제17조제2항제4호의 문리해석상 그 전단의 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’과 구별되고, 면세사업 관련 매입세액과는 다른 조세정책적 관점에서 공제하지 아니하는 것으로서 부가가치세법이 1993.12.31. 법률 제4663호로 개정되면서 비로소 공제되지 아니하는 매입세액으로 추가된 점 등에 비추어, 과세사업에 관련된 토지 관련 매입가액은 시행령 제61조제4항제1호의 ‘면세사업에 관련된 매입가액’에 포함되지 않는다고 본 원심판단을 정당하다고 한 사례.
◆ 대법원 2012.11.29. 선고 2010두4810 판결 [부가가치세가산세부과처분취소]
♣ 원고, 피상고인 겸 상고인 / ○○도시개발 주식회사
♣ 피고, 상고인 겸 피상고인 / 서산세무서장
♣ 원심판결 / 대전고법 2010.1.28. 선고 2009누2588 판결
<주 문>
상고를 모두 기각한다. 상고비용은 상고인 각자가 부담한다.
<이 유>
상고이유에 대하여 판단한다.
1. 원고의 상고이유에 대하여
가. 상고이유 제1점
(1) 구 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조제7항의 위임에 의한 구 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제61조는 매입세액의 안분계산에 관하여, 제1항 본문에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산한다.”고 정하고, 제4항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.”고 정하면서 제1호로 ‘총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율’을, 제2호로 ‘총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율’을, 제3호로 ‘총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율’을 들고 있다.
법 제17조제7항의 위임에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 정하기 위하여 공통매입세액의 안분계산방식 등을 규정한 시행령 제61조제1항, 제4항은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항에 관하여 헌법 제75조에 따라 대통령이 발한 법규명령이라 할 것이고, 한편 시행령 제61조제1항, 제4항의 내용 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 위 각 규정은 거기서 정하고 있는 안분계산방식과 순서에 구애됨이 없이 언제든지 다른 방식으로 공통매입가액을 안분할 수 있는 예시규정에 불과한 것으로 볼 수는 없으므로, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 위 각 규정에서 정한 안분계산방식과 순서에 따르는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위 각 규정에 따라 안분계산하여야 한다(대법원 2010.3.25. 선고 2007두18017 판결 등 참조).
(2) 원심판결 이유를 위 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 시행령 제61조제4항이 법규명령에 해당한다고 판단하고, 같은 항제1호를 적용하여 원고의 이 사건 과세기간의 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 산출한 것은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법규명령이나 시행령 제61조제4항의 법적 성질에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
나. 상고이유 제2점
(1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결, 대법원 2007.4.26. 선고 2005두10545 판결 등 참조).
(2) 원심판결 이유를 위 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 그 판시와 같은 사정을 들어 이 사건 초과환급신고에 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 초과환급신고가산세의 부과요건에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
2. 피고의 상고이유에 대하여
가. 시행령 제61조제4항제1호의 해석·적용에 관한 법리오해 등의 점
(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 1983.6.28. 선고 82누142 판결, 대법원 2011.1.27. 선고 2010도1191 판결 등 참조).
(2) 원심은, 매출세액에서 공제하지 아니하는 법 제17조제2항제4호 소정의 ‘토지 관련 매입세액’은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 의미하는데(시행령 제60조제6항), 이는 법 제17조제2항제4호의 문리해석상 그 전단의 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’과 구별될 뿐만 아니라, 면세사업 관련 매입세액과는 다른 조세정책적 관점에서 공제하지 아니하는 것으로서 부가가치세법이 1993.12.31. 법률 제4663호로 개정되면서 비로소 공제되지 아니하는 매입세액으로 추가된 점 등을 참작하면, 과세사업에 관련된 이 사건 토지 관련 매입가액은 시행령 제61조제4항제1호 소정의 ‘면세사업에 관련된 매입가액’에 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다고 판단하였다.
원심판결 이유를 관계 법령과 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 시행령 제61조제4항제1호의 해석·적용에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
나. 면세사업 관련 매입가액의 범위에 관한 법리오해 등의 점
원심판결 이유를 관계 법령과 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 이 사건 골프장 코스 토지 관련 매입가액이 면세사업 관련 매입가액에 해당하지 아니한다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 면세사업 관련 매입가액의 범위에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
다. 공통매입가액의 범위에 관한 법리오해 등의 점
이 사건 기업도시개발 관련 비용 및 기타 관리비가 간척지 조성을 위한 토지 관련 매입가액에 해당하므로 매입세액 불공제대상이라는 주장은, 피고가 상고심에 이르러 비로소 내세우는 새로운 주장이므로 적법한 상고이유가 될 수 없다.
3. 결론
그러므로 상고를 모두 기각하고 상고비용은 상고인 각자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 김신(재판장) 민일영 이인복(주심) 박보영