<판결요지>
[1] 구 부가가치세법(2003.12.30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제21조제2항 단서, 구 부가가치세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제69조제1항제5호, 구 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제80조제3항 단서, 소득세법 시행령 제144조제1항제5호, 제144조제4항의 각 규정에 의한 수입금액의 추계가 정당한 것으로 시인되기 위해서는 수입금액을 추계할 수 있는 요건을 갖추었다는 것만으로 부족하고, 추계의 내용과 방법이 구체적인 사안에서 가장 진실에 가까운 수입금액의 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 것이어야 하며, 추계방법의 적법 여부가 다투어지는 경우에 합리성과 타당성에 대한 증명책임은 과세관청에 있지만, 과세관청이 관계 규정이 정한 방법과 절차에 따라 추계하였다면 합리성과 타당성은 일단 증명되었고, 구체적인 내용이 현저하게 불합리하여 수입금액의 실액을 반영하기에 적절하지 않다는 점에 관하여는 이를 다투는 납세자가 증명할 필요가 있다.
[2] 판매시점정보관리시스템(Point Of Sales Management System)에 입력된 매출액은 판매와 동시에 입력된 자료로서 세무조사과정에서 확인된 다른 자료들과 비교해 볼 때 신빙성이 높은 것으로 볼 수 있고, 원·부재료는 돼지고기와 음료수, 주류로서 식당의 매출과 가장 직접적인 관련성이 있는 요소들인 데다가 특정업체들로부터 상당기간 동안 지속적으로 납품받아 왔으며 납품업체들은 규모가 크고 그 거래에 관하여 세금계산서 등을 발행하기 때문에 그 거래금액은 비교적 정확하다고 볼 수 있으며, 그 매출액과 원·부재료비의 비율은 특별한 사정이 없는 한 재료비나 음식요금의 변동이 있더라도 상당한 기간 동안은 그대로 유지된다고 볼 수 있으므로, 그 비율을 적용하여 다른 기간의 매출액을 추계한 부가가치세 및 종합소득세 부과처분은 적법하다고 본 원심판단을 수긍한 사례.
[3] 소득세법 시행령 제144조제4항의 문언내용과 취지에 의하면, 수입금액을 추계방법에 의하여 결정하더라도 필요경비는 실지조사에 의하여 결정할 수 있다면 이 부분까지 추계방법에 의하여 결정할 수는 없다.
◆ 대법원 2010.10.14. 선고 2008두7687 판결 [부가가치세등부과처분취소]
♣ 원고, 상고인 / 원고
♣ 피고, 피상고인 / 동대구세무서장외 1인
♣ 원심판결 / 대구고법 2008.4.25. 선고 2007누1317 판결
<주 문>
상고를 모두 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.
<이 유>
상고이유를 본다.
구 부가가치세법(2003.12.30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제21조제2항 단서와 구 부가가치세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제69조제1항제5호는 수입금액 추계방법의 하나로서, 추계경정대상 사업자에 대하여 ‘인건비·임차료·재료비·수도광열비 기타 영업비용 중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율[제4호 (나)목]’을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법을 규정하고 있고, 구 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제80조제3항 단서와 소득세법 시행령 제144조제1항제5호도 수입금액 추계방법의 하나로서 위와 같은 내용을 규정하고 있다. 그리고 소득세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전에는 제3항이었다) 제144조제4항은 “수입금액을 추계결정 또는 경정함에 있어서 거주자가 비치한 장부와 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 있는 때에는 당해 과세기간의 과세표준과 세액은 실지조사에 의하여 결정 또는 경정하여야 한다.”고 규정하고 있다.
위 각 규정에 의한 수입금액의 추계가 정당한 것으로 시인되기 위해서는 수입금액을 추계할 수 있는 요건을 갖추었다는 것만으로 부족하고 그 추계의 내용과 방법이 구체적인 사안에 있어서 가장 진실에 가까운 수입금액의 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 것이어야 하며 이러한 추계방법의 적법 여부가 다투어지는 경우에 그 합리성과 타당성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있다고 할 것이지만, 과세관청이 관계 규정이 정한 방법과 절차에 따라 추계하였다면 그 합리성과 타당성은 일단 증명되었다고 할 것이고, 그 구체적인 내용이 현저하게 불합리하여 수입금액의 실액을 반영하기에 적절하지 않다는 점에 관하여는 이를 다투는 납세자가 증명할 필요가 있다고 보는 것이 상당하다(대법원 1997.9.9. 선고 96누12054 판결, 대법원 1997.10.24. 선고 97누10192 판결 등 참조).
원심은 그 채용 증거에 의하여, 피고 동대구세무서장은 원고가 운영하는 ○○식당의 포스시스템(Point Of Sales Management System)에 입력된 2003.10.19.부터 2004.5.19.까지의 실제 매출액 1,052,425,842원과 원고가 신고한 같은 기간의 원·부재료 매입액 153,716,600원을 기초로 이 사건 비용관계비율을 6.847(실제 매출액 ÷ 원·부재료비 매입액)로 산정한 다음, 포스시스템상 매출액의 입력자료가 없는 2001.4.20.부터 2003.10.18.까지의 기간에 대하여 실지조사로 확인한 원·부재료비에 이 사건 비용관계비율을 적용하여 수입금액을 추계한 후 이를 토대로 2001년 2기분부터 2003년 2기분까지의 부가가치세 부과처분을 한 사실, 한편 피고 포항세무서장은 위와 같이 추계한 수입금액과 원고가 신고한 수입금액과의 차액 1,482,033,919원을 수입금액에 가산하고, 원고가 신고한 필요경비 중 증빙서류가 없는 148,201,710원을 필요경비에서 공제하는 등으로 2001년부터 2003년까지의 종합소득세 부과처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 원고의 포스시스템에 입력된 매출액은 판매와 동시에 입력된 자료로서 원고에 대한 세무조사과정에서 확인된 다른 자료들과 비교해 볼 때 신빙성이 높은 것으로 볼 수 있고 달리 실제 매출액을 확인할 수 있는 자료가 제출되지 않은 점, 원·부재료는 돼지고기와 음료수, 주류로서 ○○식당의 매출과 가장 직접적인 관련성이 있는 요소들인 데다가 특정업체들로부터 상당기간 동안 지속적으로 납품받아 왔으며 납품업체들은 규모가 크고 그 거래에 관하여 세금계산서 등을 발행하기 때문에 그 거래금액은 비교적 정확하다고 볼 수 있는 점, 이 사건 비용관계비율은 특별한 사정이 없는 한 재료비나 음식요금의 변동이 있더라도 상당한 기간 동안은 그대로 유지된다고 봄이 상당한 점 등을 고려하면, 이 사건 비용관계비율은 합리적으로 산정되었다고 할 수 있으므로 그에 따른 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분은 적법하다고 판단하였다.
원심은 나아가, ○○식당에서의 돼지고기 수급량에 비추어 이 사건 비용관계비율의 달성이 현실적으로 불가능하고, 국세청이 발표한 한식점업의 부가가치율 및 매출총이익율(47.40% 내지 52.98%)에 비하여 이 사건 비용관계비율이 지나치게 높아 합리성과 타당성이 없다는 원고의 주장에 대해서는, ○○식당은 매입한 돼지고기를 양념하고 숙성시켜 고객에게 제공하므로 그 과정에서 무게가 상당히 증가될 수 있고, 양념의 양에 따라 돼지고기 1인분에 포함되는 돼지고기의 양이 달라질 수 있으며, 이 사건 비용관계비율은 ○○식당의 모든 매입액에 대한 매출액의 비율이 아니라 돼지고기와 청량음료, 주류만의 매입액에 대한 매출액의 비율이므로 총매입액에 대한 매출액의 비율인 부가가치율이나 매출총이익율과는 비교될 수 없어 이 사건 비용관계비율이 합리성이나 타당성이 없다고 단정하기에 부족하고, 달리 피고들의 추계방법이 소득금액의 실액을 반영하기에 부적절하다고 인정할 증거가 없다는 이유로 이를 배척하였다.
앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 비용관계비율의 산정 등 추계방법에 관한 법리오해나 사실오인의 위법이 없다.
그리고 소득세법 시행령 제144조제4항의 문언내용과 취지에 의하면, 수입금액을 추계방법에 의하여 결정하더라도 필요경비는 실지조사에 의하여 결정할 수 있다면 이 부분까지 추계방법에 의하여 결정할 수는 없다 고 할 것이므로, 이 점을 다투는 상고이유의 주장 역시 이유 없다.
그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 전수안(재판장) 양승태(주심) 김지형 양창수