<판결요지>
[1] 구 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조 단서의 취지는, 당초 세금계산서상 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 공급가액 증감액을 수정세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있으므로, 그와 같이 후발적 사유로 당초 세금계산서상 공급가액이 감소함에 따라 수정세금계산서를 교부받은 경우 그에 대응하는 매입세액공제액 감소로 인하여 발생한 부가가치세액 증가분에 관하여는 구 국세기본법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항제1호에 따라 수정세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 과세표준신고기한 다음날부터 부과제척기간이 진행한다.
[2] 갑 주식회사가 을 주식회사 등과 공동으로 주택건설사업을 시행하면서 도로개설비용 분담금을 지급하기로 하고, 2000.2.14. 을 회사에게서 그에 관한 세금계산서를 교부받은 다음 2000년 제1기 부가가치세를 신고하면서 이를 매출세액에서 공제하였는데, 이후 분담금을 지급하지 않았다는 이유로 을 회사에 의해 제기된 민사소송에서 이를 감액하는 내용의 조정에 갈음하는 결정이 확정되었고, 이에 따라 2006.7.18. 을 회사에게서 그 차액에 해당하는 금액을 당초 공급가액에서 차감하는 내용의 수정세금계산서를 교부받았는데도 2006년 제2기 부가가치세를 신고하면서 이를 전체 매입세액공제액에서 차감하지 않자, 과세관청이 2008.3.3. 이를 반영하여 갑 회사에 2006년 제2기 부가가치세 부과처분을 한 사안에서, 수정세금계산서 부과에 따른 부가가치세는 그 교부일이 속하는 2006년 제2기에 귀속되고, 그 부가가치세 부과제척기간은 과세표준신고기한 다음날인 2007.1.26.부터 진행하므로, 위 처분은 부과제척기간 경과 후 이루어진 것으로 볼 수 없다고 한 사례.
◆ 대법원 2011.7.28. 선고 2009두19984 판결 [부가가치세부과처분취소]
♣ 원고, 피상고인 / 주식회사 ○○○건설
♣ 피고, 상고 : 천안세무서장
♣ 원심판결 / 대전고법 2009.10.15. 선고 2009누1325 판결
<주 문>
원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 구 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제16조제1항은 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 공급시기에 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 하되, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있도록 규정하고 있고, 그 위임에 의한 구 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제59조는 “법 제16조제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 경정사유가 발생한 경우에는 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.”고 규정하고 있다.
그리고 구 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제4항의 위임에 의한 구 국세기본법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3 제1항은, 국세부과제척기간의 기산일인 국세를 부과할 수 있는 날에 관하여 그 제1호에서 ‘과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날’로 규정하고 있다.
2. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택 증거를 종합하여 ① 원고는 ○○산업개발 주식회사(이하 ‘○○산업’이라 한다) 등과 공동으로 주택건설사업을 시행하기로 하면서 1999.12.29. ○○산업이 개설할 도로를 사용하는 대가로 도로개설비용 분담금을 ○○산업에 지급하기로 약정하고, 그에 관하여 2000.2.14. ○○산업으로부터 공급가액 1,207,378,824원의 세금계산서를 교부받은 후 2000년 제1기 부가가치세 신고 시 그 매입세액을 매출세액에서 공제한 사실, ② 그 후 원고가 도로개설비용 분담금을 지급하지 아니하자 ○○산업이 그 지급을 구하는 소송을 제기하여 그 항소심(서울고등법원 2005나80785)에서 원고가 ○○산업에 2006.7.31.까지 250,000,000원(부가가치세 포함)을 지급하고 나머지는 ○○산업이 포기하기로 하는 내용의 조정에 갈음하는 결정(이하 ‘이 사건 조정결정’이라 한다)이 2006.7.15. 확정된 사실, ③ 이에 따라 ○○산업은 2006.7.18. 당초의 공급가액과 이 사건 조정결정에 따른 공급가액의 차액에 해당하는 980,106,096원을 당초의 공급가액에서 차감하는 내용의 수정세금계산서(이하 ‘이 사건 수정세금계산서’라 한다)를 원고에게 교부하고 2006년 제2기 부가가치세 신고 시 위 금액에 관한 매출세액을 전체 매출세액에서 차감하였으나 원고는 2006년 제2기 부가가치세 신고 시 그에 대응하는 같은 금액의 매입세액을 전체 매입세액공제액에서 차감하지 아니하자, 이를 이유로 피고는 2008.3.3. 원고에게 2006년 제2기 부가가치세 130,814,790원을 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 당초 세금계산서가 교부된 2000.2.14.에 도로개설비용 분담금 약정에 따른 용역의 공급이 완료되고 그 공급가액도 확정되었으므로 그때를 그 공급시기로 보아야 하고, 사후에 이 사건 수정세금계산서의 교부에 따라 원고의 부가가치세 증가분이 발생하더라도 그에 대한 부과제척기간은 위 공급시기가 속하는 2000년 제1기의 부가가치세 과세표준신고기한 다음날인 2000.7.26.부터 진행한다고 보아, 그로부터 부과제척기간 5년이 경과한 후인 2008.3.3.에야 이루어진 이 사건 처분은 무효라고 판단하였다.
3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
시행령 제59조 단서의 취지는, 당초 세금계산서상의 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 수정세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있으므로, 그와 같이 후발적 사유로 당초 세금계산서상의 공급가액이 감소함에 따라 수정세금계산서를 교부받은 경우 그에 대응하는 매입세액공제액의 감소로 인하여 발생한 부가가치세액 증가분에 관하여는 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항제1호에 의하여 그 수정세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 과세표준신고기한 다음날부터 그 부과제척기간이 진행한다고 보아야 할 것이다.
원심이 인정한 바와 같이 원고가 ○○산업에 지급할 도로개설비용 분담금을 감액하는 내용의 이 사건 조정결정이 확정됨에 따라 원고가 2006.7.18. ○○산업으로부터 이를 반영한 이 사건 수정세금계산서를 교부받았다면, 이 사건 수정세금계산서의 교부에 따른 부가가치세 130,814,790원은 그 교부일이 속하는 2006년 제2기에 귀속되고, 그에 대한 부과제척기간은 그 과세표준신고기한 다음날인 2007.1.26.부터 진행한다고 할 것이므로, 2008.3.3. 이루어진 이 사건 처분은 부과제척기간이 경과한 후의 것이라고 할 수 없다.
이와 달리 원심은 이 사건 처분이 부과제척기간이 경과한 후의 것으로서 무효라고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 수정세금계산서의 교부에 따른 부가가치세의 부과제척기간에 관한 법리를 오해하여 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유는 이유 있다.
4. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 이상훈(재판장) 김지형 전수안(주심) 양창수