<질의요지>
「지방세특례제한법」 제57조의2제1항에서는 「법인세법」 제44조제2항(이하 “적격합병”이라 함) 또는 제3항(이하 “적격간주합병”(“내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우(제1호)” 또는 “동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우(제2호)”에 적격합병 요건을 갖추지 않아도 적격합병으로 간주하는 것을 말함.)이라 함)에 해당하는 합병법인에 대하여 취득세 경감 특례를 규정(각 호 외의 부분 본문)하면서, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우(「법인세법」 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외하며, 이하 같음.)에는 경감된 취득세를 추징하도록 규정(각 호 외의 부분 단서)하고 있고,
「법인세법」 제44조의3에서는 적격합병 및 적격간주합병을 한 합병법인에 대하여 과세특례를 규정하고, 같은 조제3항에서는 과세특례를 중단하는 경우를 규정하면서도 적격간주합병을 한 합병법인은 과세특례를 중단하는 대상에서 제외하고 있는바,
적격간주합병을 하여 취득세를 경감받은 합병법인에 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 경감된 취득세를 추징해야 하는지?
<회 답>
적격간주합병을 하여 취득세를 경감받은 합병법인에 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 경감된 취득세를 추징해야 합니다.
<이 유>
법령의 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면 원칙적으로 더 이상 다른 해석방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없다고 할 것이고(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81035 판결례 참조), 특히 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하며, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되어서는 안 된다고 할 것입니다(대법원 2021.9.9. 선고 2021두34558 판결례 및 대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결례 등 참조).
그런데 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항 각 호 외의 부분 본문에서는 “「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우” 취득세를 경감하도록 규정하여 적격합병과 적격간주합병 모두를 취득세 경감 대상으로 하면서, 취득세 경감을 받은 후 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감된 취득세를 추징하도록 규정하고 있을 뿐, 경감된 취득세를 추징하는 합병의 유형에 대해 별도로 규정하지 않고 있으며, 추징 사유와 관련하여서도 「법인세법」 제44조의3제3항 전체가 아니라 같은 항 각 호만을 인용하고 있어 적격간주합병의 경우를 제외하고 있는 같은 항 각 호 외의 부분 본문이 적용된다고 볼 수 없으므로, 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 취득세 추징 대상에는 적격간주합병을 한 합병법인이 포함됨(조세심판원 2017.5.17. 선고 조심2017지0241 결정례 참조)이 문언상 명백합니다.
한편 「법인세법」 제44조의3제3항에서 적격간주합병을 한 법인을 과세특례 중단 대상에서 제외하는 것은 적격간주합병의 경우 적격합병과 달리 법인이 100퍼센트를 출자한 자법인(子法人)을 합병하는 경우 등에 해당하기만 하면 같은 법 제44조제2항 각 호에 따른 적격합병의 인정요건과 무관하게 과세특례 대상에 해당하기 때문인데, 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항에 따른 합병법인에 대한 취득세 경감도 적격합병의 인정요건을 갖추었는지와 무관하게 적격간주합병을 한 법인에게 적용되는 것이므로, 「법인세법」상 합병법인에 대한 과세특례 구조와 동일하게 경감된 취득세의 추징 대상에서도 적격간주합병은 제외되는 것으로 보아야 한다는 의견이 있습니다.
그러나 국세와 지방세는 그 과세목적, 과세권자 및 과세대상 등이 서로 다른 별개의 조세(대법원 2000.10.27. 선고 2000다25590 판결 참조)로서 각각의 입법 취지와 과세목적에 따라 달리 운영될 수 있어 동일한 과세대상에 대하여 별도의 규정 및 제도를 규정하는 것이 가능하므로, 지방세 관련 법령에서 국세 관련 법령 규정 중 일부만 인용한 경우에는 그 인용하고 있는 조문에 한정하여 적용해야 하고, 인용하지 않는 내용까지 유추하여 적용할 수는 없으므로 그러한 의견은 타당하지 않습니다.
따라서 적격간주합병을 하여 취득세를 경감받은 합병법인에 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항에 따라 경감된 취득세를 추징해야 합니다.
【법제처 22-0398, 2022.11.07.】