<판결요지>
[1] 구 조세특례제한법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조제2항 [별표 6] 제1호 (라)목이 직무발명보상금으로 지출한 금액을 연구·인력개발비로 보아 내국법인의 법인세에 관한 세액공제 대상으로 정한 취지는 조세지원을 통해 기업의 연구개발을 장려하고 촉진하고자 함에 있는 점, 2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제9조제2항 [별표 6] 제1호 (라)목은 ‘종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명보상금으로 지출한 금액’을 세액공제 대상이 되는 직무발명보상금으로 규정함으로써 임원에게 지출한 직무발명보상금도 세액공제 대상이 됨을 분명히 하였던 점, 조세특례제한법 제12조는 기술이전소득 등에 대한 과세특례를 규정하면서 내국법인과 특수관계에 있는 자에게 지급한 금액을 세액공제 대상에서 제외하도록 명시적으로 규정하고 있는 반면, 구 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것 및 2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제10조제1항은 특수관계자에게 지급한 직무발명보상금을 세액공제 대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 시행령 제9조제2항 [별표 6] 제1호 (라)목의 직무발명보상금이란 구 특허법(2006.3.3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것) 제39조제1항, 제40조 또는 발명진흥법 제2조제2호 등이 규정한 직무발명보상금을 뜻하는 것으로 보아야 하고, 임원이나 특수관계자에게 지급하는 직무발명보상금이라고 하더라도 이를 세액공제 대상에서 제외할 것은 아니다.
[2] 구 특허법(2006.3.3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것) 제39조제1항, 제40조 또는 발명진흥법 제2조제2호, 제15조 등이 직무발명을 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ‘종업원 등’이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ‘사용자 등’이라 한다)의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명으로 규정하고, 그 보상액을 그 발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익의 액과 그 발명의 완성에 사용자 등 및 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하여 산정하도록 규정하고 있으므로(더욱이 발명진흥법 제15조제2항은 보상에 관하여 근무규정 등에서 정하는 경우에는 그에 따른 보상이 일정한 상황을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다고 규정하고 있다), 그러한 요건을 갖춘 직무발명에 관하여 위와 같은 점을 감안하여 산정된 직무발명보상금이라면, 구 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것 및 2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제10조제1항이 허용하는 한도 내의 금액은 특별한 사정이 없는 한 연구·인력개발비 세액공제 대상이 된다.
◆ 대법원 2013.6.27. 선고 2013두2655 판결 [법인세부과처분취소]
♣ 원고, 상고인 / ○○기술개발 주식회사
♣ 피고, 피상고인 / 동안양세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2013.1.11. 선고 2012누7457 판결
<주 문>
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
<이 유>
상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 구 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 조세특례제한법’이라 한다) 제10조제1항은 ‘일정한 내국법인이 2006.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 ‘연구·인력개발비’라 한다)이 있는 경우 그 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 법인세에 관한 세액공제를 적용받을 수 있다’고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조제1항은 ‘일정한 내국법인이 2009.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우 그 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있으며(개정 전 조세특례제한법 제10조제1항과 구 조세특례제한법 제10조제1항을 통칭하여 이하 ‘구 조특법 제10조제1항’이라 한다), 그 각 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정되기 전의 것) 제9조제2항 [별표 6] 제1호 (라)목(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)은 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 ‘당해 기업이 그 종업원에게 직무발명보상금으로 지출한 금액’을 들고 있다.
이 사건 규정이 직무발명보상금으로 지출한 금액을 연구·인력개발비로 보아 내국법인의 법인세에 관한 세액공제 대상으로 정한 취지는 조세지원을 통해 기업의 연구개발을 장려하고 촉진하고자 함에 있는 점, 2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제9조제2항 [별표 6] 제1호 (라)목은 ‘종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명보상금으로 지출한 금액’을 세액공제 대상이 되는 직무발명보상금으로 규정함으로써 임원에게 지출한 직무발명보상금도 세액공제 대상이 됨을 분명히 하였던 점, 조세특례제한법 제12조는 기술이전소득 등에 대한 과세특례를 규정하면서 내국법인과 특수관계에 있는 자에게 지급한 금액을 세액공제 대상에서 제외하도록 명시적으로 규정하고 있는 반면, 구 조특법 제10조제1항은 특수관계자에게 지급한 직무발명보상금을 세액공제 대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 규정 소정의 직무발명보상금이란 구 특허법(2006.3.3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 특허법’이라 한다) 제39조제1항, 제40조 또는 발명진흥법 제2조제2호 등이 규정한 직무발명보상금을 뜻하는 것으로 보아야 하고, 임원이나 특수관계자에게 지급하는 직무발명보상금이라고 하더라도 이를 세액공제 대상에서 제외할 것은 아니다.
또한 구 특허법 제39조제1항, 제40조 또는 발명진흥법 제2조제2호, 제15조 등이 직무발명을 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ‘종업원 등’이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ‘사용자 등’이라 한다)의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명으로 규정하고, 그 보상액을 그 발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익의 액과 그 발명의 완성에 사용자 등 및 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하여 산정하도록 규정하고 있으므로(더욱이 발명진흥법 제15조제2항은 보상에 관하여 근무규정 등에서 정하는 경우에는 그에 따른 보상이 일정한 상황을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다고 규정하고 있다), 그러한 요건을 갖춘 직무발명에 관하여 위와 같은 점을 감안하여 산정된 직무발명보상금이라면, 구 조특법 제10조제1항이 허용하는 한도 내의 금액은 특별한 사정이 없는 한 연구·인력개발비 세액공제 대상이 된다고 할 것이다.
2. 원심은 그 채택 증거를 종합하여, ① 조경공사 시공·설계업 등을 목적으로 설립된 내국법인인 원고가 2006.6.20. 원고의 등기이사인 소외인과 사이에 사면녹화용식생재(특허번호 1 생략)에 관하여 권리승계의 대가로 소외인에게 367,807,830원의 보상금을 지급한다는 내용의 계약을 체결하고, 2006.12.29. 소외인에게 1,727,000,000원을 지급한 사실, ② 원고는 또한 2007.12.27. 소외인과 사이에 사실상의 권리이전의 대가로 알루미늄제 다목적펜스(실용신안등록번호 생략)에 관하여 179,254,000원, 가로등(디자인등록번호 생략)에 관하여 181,441,000원, 법면보호네트의 시공방법(특허번호 2 생략)에 관하여 637,544,000원의 각 보상금을 지급한다는 내용의 계약을 체결하고, 소외인에게 2008.4.14. 300,000,000원, 2008.4.24. 267,639,000원을 각 지급한 사실, ③ 원고는 소외인에게 지급하기로 한 보상금 합계 998,239,000원(= 179,254,000원 + 181,441,000원 + 637,544,000원, 이하 ‘이 사건 보상금’이라 한다)에 관하여 구 조특법 제10조제1항이 허용하는 한도 내의 금액에 관하여 연구·인력개발비 세액공제를 적용하여 2006, 2007 각 사업연도 법인세를 신고한 사실, ④ 그러나 피고는 이 사건 보상금이 이 사건 규정 소정의 직무발명보상금에 해당하지 않는다고 보아 연구·인력개발비 세액공제를 부인하고 2010.1.11. 원고에게 2006 사업연도 법인세 239,902,650원 및 2007 사업연도 법인세 486,687,360원(각 가산세 포함)을 증액하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
나아가 원심은, ① 원고의 주식 55.33%를 보유하는 등 사실상 사용자에 해당하는 소외인을 이 사건 규정에서 말하는 ‘종업원’의 개념에 포함시키는 것은 조세지원을 통해 종업원의 연구개발을 촉진하고자 하는 이 사건 규정의 입법 취지에 반하는 점, ② 특허, 실용신안 및 디자인 등의 권리에 관한 발명이 소외인의 직무에 관한 것이었다거나 원고의 업무범위에 속하는 것이었음을 인정할 만한 증거가 없는 점, ③ 소외인은 1999.9.9. 극동엔지니어링 주식회사에 법면보호네트의 시공방법(특허번호 2 생략)에 관한 통상실시권을 설정하여 주고, 2007.9.13. 주식회사 삼보기술단에 위 특허권의 일부를 이전하여 주었던 점, ④ 이 사건 보상금이 발명진흥법에 따른 정당한 ‘직무발명보상금’에 해당한다고 볼 자료가 없을 뿐만 아니라 그 액수도 지나치게 과다한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 보상금은 이 사건 규정 소정의 직무발명보상금에 해당하지 않는다는 이유로, 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.
3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.
원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 원고는 조경공사 시공·설계업, 토목용 법면 보호블록의 제조 등을 목적으로 설립된 내국법인인 사실, 소외인이 발명한 사면녹화용 식생재(특허번호 1 생략)는 각종 토목공사 시에 발생하는 절재지나 성토면의 급경사를 이루는 암벽사면이나 토사면 등에 간편한 시공방법으로 살포시공하여 사면에 식물을 식생하는 발명이고, 법면보호네트의 시공방법(특허번호 2 생략)은 주행 중인 자동차, 보행자 등을 보호하고 산사태를 방지할 목적으로 낙석의 위험이 있는 법면 등에 설치하는 시설의 시공방법의 발명 등인 사실, 1985년에 원고에 입사한 소외인은 1991.1. 기술담당임원으로 승진한 이래 원고의 연구개발 업무를 담당하거나 기술개발부 또는 기술연구개발부를 관장하는 업무를 담당하였고, 이 사건 각 발명 당시에도 그 직위를 계속하여 유지하고 있던 사실, 이 사건 보상금은 그 발명의 실시로 계약된 공사금액 전체 매출금액을 기준으로 직무발명보상금을 산정하도록 한 원고의 직무발명규정 제11조 등에 근거하여 산정된 사실 등을 알 수 있다.
위 사실관계를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 각 발명은 원고의 기술연구개발 업무에 종사하여 온 소외인이 그 재직 중에 원고의 업무범위에 속하는 토목공사, 조경공사와 관련한 발명을 한 것이므로 구 특허법 또는 발명진흥법에 따른 직무발명에 해당한다고 볼 여지가 많고, 소외인이 직무발명 이후에 제3자에게 통상실시권을 설정하였다거나, 특허권의 일부를 양도하였다는 점만으로 그 발명이 직무발명에 해당하지 않는다고 볼 것은 아니다. 그리고 원고의 직무발명규정은 일정한 기준에 따른 보상을 규정하고 있으므로 이에 근거하여 산정된 소외인에 대한 보상금의 액수가 구 특허법 또는 발명진흥법이 정당한 보상으로 규정하는 범위 내의 것인지를 살펴본 다음, 만약 그 범위를 넘어서는 것이라면 그 초과 금액만을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 부인할 것이지 정당한 보상의 범위 내에 있는 금액까지 모두 부인할 것도 아니다.
그런데도 원심은 그 판시와 같은 사정만을 들어 원고가 이 사건 발명에 대하여 소외인에게 지급하기로 한 금액이 이 사건 규정이 정하고 있는 직무발명보상금에 해당하지 않는다고 보아 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 구 조특법 제10조제1항이 연구·인력개발비 세액공제 대상의 하나로 규정한 직무발명보상금에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
4. 결론
그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 박병대(재판장) 양창수 고영한 김창석(주심)