<판결요지>
[1] 구 조세감면규제법(1990.12.31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2 제1항, 구 법인세법(1994.12.22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제15조제1항제5호, 구 조세감면규제법(1993.12.31. 법률 제4666호로 전부 개정되기 전의 것) 부칙(1990.12.31.) 제23조제1항, 조세특례제한법 시행령 제138조 규정의 입법 취지는 주식시장의 활성화를 위하여 주식의 상장을 전제로 자산재평가를 한 법인에 대하여는 자산재평가법상의 재평가요건을 갖추지 못하였더라도 그 재평가차액을 법인세의 과세대상에서 제외함으로써 주식의 상장을 유도하되, 사후 당해 법인이 주식의 상장을 게을리하는 경우에는 이러한 과세특례를 박탈함으로써 이를 악용하는 것을 방지하고자 하는 데 있으므로, 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항에 의하여 자산재평가를 한 법인이 2003.12.31.까지 주식을 상장하지 못하였더라도 그 원인이 당해 법인에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유에서 비롯된 경우에는 그 재평가차액에 대하여 법인세를 과세할 수 없다.
[2] 해운업을 영위하는 갑 회사가 구 조세감면규제법(1990.12.31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2 제1항 등에 의하여 주식 상장을 전제로 자산재평가를 한 다음 그 재평가차액을 익금에 산입하지 아니한 채 법인세를 신고·납부하였는데, 이후 2003.12.31.까지 주식을 상장하지 아니하자 과세관청이 위 재평가차액을 소득금액계산에 익금산입하여 법인세를 증액하는 부과처분을 한 사안에서, 갑 회사가 주식을 상장하지 못한 것은 증권감독원의 사전감리결과 감가상각비를 과소 계상하여 이익을 과대 계상한 사실이 밝혀졌기 때문이므로 거기에 정당한 사유가 있다고 할 수 없고, 갑 회사가 제출한 증거만으로는 상장하지 못한 것이 증권관리위원회가 주식시장에 신규로 상장되는 주식의 양을 조절하기 위해 갑 회사의 상장을 받아들이지 아니하였기 때문이라는 사실을 인정할 수 없으며, 그 밖에 갑 회사가 상장 신청을 철회하였다거나 주식공모가에 관한 주간사와의 견해 차이로 인하여 상장하지 아니하였다는 등의 사정만으로는 갑 회사가 주식을 상장하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 할 수 없으므로, 위 법인세 부과처분은 적법하다고 본 원심판단을 수긍한 사례.
◆ 대법원 2011.4.28. 선고 2009두3842 판결 [법인세부과처분취소]
♣ 원고, 상고인 / 주식회사 ○○○○○○해운
♣ 피고, 피상고인 / 종로세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2009.1.23. 선고 2006누11097 판결
<주 문>
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 구 조세감면규제법(1990.12.31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조의2 제1항은 ‘한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조, 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다’고 규정하고, 구 법인세법(1994.12.22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제15조제1항제5호는 ‘자산재평가법의 규정에 의한 재평가차액은 당해 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다. 한편 조세감면규제법 중 개정법률(1990.12.31. 법률 제4285호) 부칙 제23조제1항, 조세특례제한법 시행령 제138조는 ‘구 조세감면규제법 제56조의2 제1항에 의하여 재평가를 한 법인이 2003.12.31.까지 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다’고 규정하고 있다.
위 각 규정의 입법 취지는 주식시장의 활성화를 위하여 주식의 상장을 전제로 자산재평가를 한 법인에 대하여는 자산재평가법상의 재평가요건을 갖추지 못하였더라도 그 재평가차액을 법인세의 과세대상에서 제외함으로써 주식의 상장을 유도하되, 사후 당해 법인이 주식의 상장을 게을리 하는 경우에는 이러한 과세특례를 박탈함으로써 이를 악용하는 것을 방지하고자 하는 데 있으므로, 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항에 의하여 자산재평가를 한 법인이 2003.12.31.까지 주식을 상장하지 못하였더라도 그 원인이 당해 법인에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유에서 비롯되었을 경우에는 재평가차액에 대하여 법인세를 과세할 수 없다고 보아야 한다.
2. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고가 1989.7.1. 주식의 상장을 전제로 자산재평가를 한 다음 그 재평가차액 14,724,629,134원을 익금에 산입하지 아니한 채 1989 사업연도 법인세를 신고·납부한 사실, 그 후 원고가 2003.12.31.까지 주식을 상장하지 아니하자 피고는 2004.1.16. 위 재평가차액을 원고의 1989 사업연도 소득금액계산에 익금산입하여 1989 사업연도 법인세를 증액하는 이 사건 부과처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 원고가 2003.12.31.까지 주식을 상장하지 아니한 이상 거기에 정당한 사유가 있다고 하더라도 그 재평가차액에 대해 법인세를 과세할 수 있고, 가사 정당한 사유가 있는 경우에는 법인세를 과세할 수 없다고 하더라도 원고가 1990년에 상장하지 못한 것은 증권감독원의 사전감리결과 감가상각비를 과소 계상하여 이익을 과대 계상한 사실이 밝혀졌기 때문이므로 거기에 정당한 사유가 있다고 할 수 없고, 원고가 제출한 증거만으로는 1991년에 상장하지 못한 것이 증권관리위원회가 주식시장에 신규로 상장되는 주식의 양을 조절하기 위해 원고의 상장을 받아들이지 아니하였기 때문이라는 사실을 인정할 수 없으며, 그 밖에 원고가 1992년에 상장 신청을 철회하였다거나 2002년에 주식공모가에 관한 주간사와의 견해 차이로 인하여 상장하지 아니하였다는 등의 사정만으로는 원고가 주식을 상장하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 할 수 없으므로 이 사건 부과처분은 적법하다고 판단하였다.
앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 원고가 2003.12.31.까지 주식을 상장하지 아니한 데 대하여 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있다고 하더라도 그 재평가차액에 대해 법인세를 과세할 수 있다고 판시한 부분은 부적절하지만, 원고에게 그와 같은 정당한 사유가 있다고 할 수 없다는 이유로 이 사건 부과처분이 적법하다고 본 결론은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 정당한 사유 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.
3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 민일영(재판장) 이홍훈(주심) 김능환 이인복