<판결요지>
구 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제41조제1항제1호, 제2호는 수익비용대응의 원칙에 따라 기간손익을 적정하게 계산하기 위하여 타인으로부터 매입한 자산이나 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법으로 취득한 자산의 경우 그 취득에 소요된 부대비용을 취득가액에 포함되는 것으로 정하고 있는데, 그 밖의 방법으로 취득한 자산이라고 하여 그와 다른 기준에 의하여 취득가액의 범위를 정할 합리적인 이유를 찾기 어렵다. 그리고 구 법인세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제72조제1항제4호 단서는 구 법인세법 제16조제1항제5호의 금액(의제배당소득금액)과 구 법인세법 시행령 제11조제9호의 금액(특수관계자와의 합병과정에서 분여받은 이익이 있는 경우 그 이익)의 경우에는 이미 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금에 산입되어 법인세가 과세되었음을 고려하여 이중과세를 방지하기 위한 취지에서 종전의 장부가액에 그 각 금액을 가산하여 취득가액을 산정하도록 한 것일 뿐 수익비용대응의 원칙에 대한 예외를 정한 것으로는 볼 수 없다. 이러한 점들에 비추어 보면, 주주가 합병으로 인하여 주식을 취득한 경우에도 그 취득에 소요된 부대비용은 특별한 사정이 없는 한 취득가액에 포함된다.
◆ 대법원 2014.3.27. 선고 2011두1719 판결 [법인세등경정거부처분취소]
♣ 원고, 피상고인 / ○○중공업 주식회사
♣ 피고, 상고인 / 동울산세무서장
♣ 원심판결 / 부산고법 2010.12.15. 선고 2009누7189 판결
<주 문>
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 상고이유 제1점에 대하여
가. 구 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제41조제1항은 “내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다”고 정하면서 제1호에서 ‘타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액’을, 제2호에서 ‘자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액’을, 제3호에서 ‘제1호 및 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령이 정하는 금액’을 들고 있고, 제2항은 “제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 정하고 있다. 그리고 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제72조제1항제4호 단서는 “합병에 의하여 주주가 취득하는 주식의 취득가액은 종전의 장부가액에 법 제16조제1항제5호의 금액 및 제11조제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다”고 정한다.
구 법인세법 제41조제1항제1호, 제2호는 수익비용대응의 원칙에 따라 기간손익을 적정하게 계산하기 위하여 타인으로부터 매입한 자산이나 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법으로 취득한 자산의 경우 그 취득에 소요된 부대비용을 취득가액에 포함되는 것으로 정하고 있는데, 그 밖의 방법으로 취득한 자산이라고 하여 그와 다른 기준에 의하여 취득가액의 범위를 정할 합리적인 이유를 찾기 어렵다. 그리고 구 법인세법 시행령 제72조제1항제4호 단서는 구 법인세법 제16조제1항제5호의 금액(의제배당소득금액)과 구 법인세법 시행령 제11조제9호의 금액(특수관계자와의 합병과정에서 분여받은 이익이 있는 경우 그 이익)의 경우에는 이미 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금에 산입되어 법인세가 과세되었음을 고려하여 이중과세를 방지하기 위한 취지에서 종전의 장부가액에 그 각 금액을 가산하여 취득가액을 산정하도록 한 것일 뿐 수익비용대응의 원칙에 대한 예외를 정한 것으로는 볼 수 없다. 이러한 점들에 비추어 보면, 주주가 합병으로 인하여 주식을 취득한 경우에도 그 취득에 소요된 부대비용은 특별한 사정이 없는 한 취득가액에 포함된다고 봄이 타당하다.
나. 원심은 채택 증거에 의하여, ① 원고가 △△종합금융 주식회사(이하 ‘△△종금’이라고 한다)의 대주주로서 위 회사 주식 21,446,770주를 보유하던 중 주식회사 ◇◇은행(이하 ‘◇◇은행’이라고 한다)이 1999.2.11.경 △△종금을 흡수합병(이하 ‘제1차 합병’이라고 한다)함에 따라 합병대가로 ◇◇은행 주식 115,563,560주 등을 교부받고, 이어 1999.9.14.경 주식회사 ○○은행(이하 ‘○○은행’이라고 한다)이 ◇◇은행을 흡수합병(이하 ‘제2차 합병’이라고 한다)함에 따라 다시 합병대가로 ○○은행 주식 12,089,238주(이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다) 등을 교부받은 사실, ② 제1차 합병과정에서 △△종금에게 이 사건 농어촌특별세 납세의무가 발생하여 ◇◇은행에게 승계되었으나, ◇◇은행과 ○○은행은 당초 합병비율을 정하면서 그와 같은 사정을 고려하지 아니하였던 사실, ③ 나중에 그 사실을 알게 된 ○○은행이 당초 정한 합병비율을 재조정하는 대신 △△종금의 대주주였던 원고를 비롯한 현대그룹의 계열사들에게 이 사건 농어촌특별세의 보전을 요구함에 따라 원고를 비롯한 현대그룹 계열사들은 당초 정한 합병비율대로 제2차 합병이 이루어질 수 있도록 하기 위하여 1999.8.10. ‘○○은행이 이 사건 농어촌특별세를 납부하여야 하는 것으로 최종 확정될 경우 그 금액을 ○○은행에게 연대하여 지급하되, 2000.12.31.까지 ○○은행이 이 사건 농어촌특별세를 납부하여야 하는지 여부가 최종 확정되지 않은 경우에는 이를 ○○은행에게 우선 지급하고, 나중에 ○○은행에게 이 사건 농어촌특별세의 납부의무가 없는 것으로 확정되는 경우 이를 반환받는다’는 등의 내용이 기재된 이 사건 농어촌특별세 보전합의서를 작성하였고, 그 결과 제2차 합병이 예정대로 이루어져 원고가 당초 정한 합병비율에 따라 이 사건 주식을 취득하게 된 사실, ④ 원고는 다른 현대그룹 계열사들과의 분담합의 등의 절차를 거쳐 이 사건 농어촌특별세 보전합의서에서 정한 대로 2000.12.29.과 2001.12.29. 이 사건 농어촌특별세 분담금을 ○○은행에게 지급하였고, 그 후 2004.5.21.과 2004.6.18. 이 사건 주식을 전부 양도한 사실, ⑤ 한편 대법원은 2004.7.8. ○○은행이 제기한 이 사건 농어촌특별세 부과처분 취소소송의 상고심에서 이 사건 농어촌 특별세 부과처분이 적법하다는 취지로 판결한 사실 등을 인정한 다음, 위와 같은 이 사건 농어촌특별세 보전합의서의 작성경위 및 원고의 이 사건 농어촌특별세 분담금 지급경위 등에 비추어 보면, 이 사건 농어촌특별세 분담금은 이 사건 주식을 취득하기 위하여 지급된 비용으로서 이 사건 주식의 취득가액에 포함된다고 봄이 타당하므로 이 사건 주식이 양도된 2004사업연도의 손금에 산입되어야 한다는 이유로, 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 경정거부처분은 위법하다고 판단하였다.
다. 앞서 본 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 간다. 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 ‘합병에 의하여 취득한 주식의 취득가액’에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
2. 상고이유 제2점 및 제3점에 대하여
이 부분 상고이유의 주장은, 원심이 이 사건 농어촌특별세 분담금이 이 사건 주식의 취득가액에 해당한다고 판단한 것에 덧붙여, 설령 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 농어촌특별세 분담금은 구 법인세법 제19조제2항의 손비의 요건을 갖춘 것으로서 그 지급의무가 확정된 2004사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 가정적으로 판단한 것을 다투는 것이다.
그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 농어촌특별세 분담금이 이 사건 ○○은행 주식의 취득가액에 포함된다고 보는 이상, 위와 같은 가정적·부가적 판단의 당부는 판결에 영향을 미칠 수 없다. 결국 이 부분 상고이유의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요없이 받아들일 수 없다.
3. 결론
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 김창석(재판장) 양창수(주심) 고영한 조희대