근로기준법 시행령 제22조제1항제4호에 따른 고용·해고·퇴직에 관한 서류가 국세기본법 제85조의3제1항에 따른 장부 및 증거서류에 해당하는 경우, 근로기준법 제42조와 국세기본법 제85조의3제2항이 모두 적용되는지 [법제처 25-0614]
<질의요지>
「근로기준법」 제42조에서는 사용자(사업주 또는 사업 경영 담당자, 그 밖에 근로자에 관한 사항에 대하여 사업주를 위하여 행위하는 자를 말하며(「근로기준법」 제2조제2호 참조), 이하 같음)는 근로자 명부와 대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류를 3년간 보존하여야 한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 마련된 같은 법 시행령 제22조제1항에서는 “대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류”란 같은 항 각 호의 서류를 말한다고 규정하면서, 같은 항제4호에서는 고용·해고·퇴직에 관한 서류를 규정하고 있으며, 같은 조제2항에서는 근로계약에 관한 중요한 서류의 보존기간은 같은 항 각 호에 해당하는 날부터 기산한다고 규정하면서, 같은 항제4호에서는 고용, 해고 또는 퇴직에 관한 서류는 근로자가 해고하거나 퇴직한 날로 규정하고 있는 한편,
「국세기본법」 제85조의3제1항 전단에서는 납세자(납세의무자(연대납세의무자와 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 경우의 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)와 세법에 따라 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자를 말하며(「국세기본법」 제2조제10호 참조), 이하 같음)
는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다고 규정하면서, 같은 조제2항 본문에서는 같은 조제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간) 보존하여야 한다고 규정하고 있는바,
「근로기준법 시행령」 제22조제1항제4호에 따른 고용·해고·퇴직에 관한 서류가 「국세기본법」 제85조의3제1항에 따른 장부 및 증거서류에 해당하는 경우(이하 “이 사안의 경우”라 함), 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조와 「국세기본법」 제85조의3제2항이 모두 적용되는지?
<회 답>
이 사안의 경우, 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조와 「국세기본법」 제85조의3이 모두 적용됩니다.
<이 유>
먼저 입법목적을 달리하는 법률들이 일정한 행위에 관한 요건을 각각 규정하고 있는 경우에는 어느 법률이 다른 법률에 우선하여 배타적으로 적용된다고 해석되지 않는 이상 어떤 행위가 둘 이상의 법률의 요건에 모두 해당한다면 둘 이상의 법률이 모두 적용된다고 할 것인바(대법원 1995.1.12. 선고 94누3216 판결례, 대법원 2010.9. 9 선고 2008두22631 판결례 참조), 「근로기준법」은 근로자의 기본적 생활을 보장, 향상시키며 균형 있는 국민경제의 발전을 꾀하는 것을 목적(제1조)으로 하는 법률인 반면, 「국세기본법」은 납세자의 권리·의무 및 권리구제에 관한 사항을 규정함으로써 국세에 관한 법률관계를 명확하게 하고, 과세(課稅)를 공정하게 하며, 국민의 납세의무의 원활한 이행에 이바지함을 목적(제1조)으로 하는 법률로서 두 법은 입법목적을 달리하고 두 법 중 어느 법이 다른 법에 대해 우선적 효력을 가진다거나 어느 법에서 다른 법의 적용을 배제한다는 규정은 없습니다.
그리고 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조에서 사용자에게 근로계약에 관한 중요한 서류를 보존하도록 의무를 부과하고 있는 취지는 근로자의 권익을 보호하고 근로관계의 투명성을 확보하기 위한 것으로 보이고, 「국세기본법」 제85조의3에서 납세자가 세법에서 정한 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하고 일정 기간 동안 보존하도록 한 취지는 납세자가 세법에서 정한 신고 및 납부 의무를 성실하게 이행하도록 하기 위한(광주고등법원 2007.3.9. 선고 2006누332 판결례 참조) 것으로 보이는바, 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조와 「국세기본법」 제85조의3은 서류를 보존하도록 하고 있는 규정의 취지와 목적이 각각 다르므로, 이 사안의 경우 서류의 보존기간에 대해서는 「근로기준법」과 「국세기본법」의 관련 규정이 모두 적용된다고 보아야 할 것입니다.
아울러 서류의 보존기간과 관련하여 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조제2항4호에 따르면 사용자는 고용·해고·퇴직에 관한 서류를 근로자가 해고되거나 퇴직한 날부터 3년간 보존하도록 하고 있고(「근로기준법」 제42조를 위반한 자에게는 500만원 이하의 과태료가 부과됨(「근로기준법」 제116조제2항 참조)), 「국세기본법」 제85조의3제2항에 따르면 장부 및 증거서류를 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하도록 하고 있어(정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 「국세기본법」 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있음( 「국세기본법」 제47조제1항 참조)) 서류의 보존기간 기산일이 각각 다른데, 이 사안과 같이 어느 법이 다른 법에 대해 우선적 효력을 가진다거나 어느 법에서 다른 법의 적용을 배제한다는 명문의 규정이 없음에도 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조와 「국세기본법」 제85조의3 중 하나의 규정만이 적용된다고 해석한다면, 「근로기준법」과 「국세기본법」 중 하나의 법률에 따른 서류의 보존기간만이 적용되어, 다른 하나의 법률에서 규율하고자 하는 서류 보존 규정의 목적을 달성할 수 없게 된다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려할 필요가 있습니다.
따라서 이 사안의 경우, 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조와 「국세기본법」 제85조의3이 모두 적용됩니다.
【법제처 25-0614, 2025.11.06.】