구 조세특례제한법 시행령 제126조제4항을 납세의무자가 위 법 제132조에 의한 최저한세의 제한을 적용하지 않거나 잘못 적용하여 법인세를 신고한 때에 위 법이 최저한세의 적용대상인 감면 등이 여럿일 경우 그 배제순서를 규정하고 있지 아니하여 과세관청이 위 법 제132조에 의한 최저한세의 제한을 적용하기 위한 감면 등의 배제순서만을 규정한 것으로 보아야 하는지 여부(적극)
◆ 대법원 2013.5.24. 선고 2012두28445 판결 [법인세부과처분취소]
♣ 원고, 피상고인 / ○○○○○코리아반도체 주식회사
♣ 피고, 상고인 / 부천세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2012.11.23. 선고 2012누12084 판결
<주 문>
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 구 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제59조제1항 본문은 “이 법 또는 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다.”고 규정하면서, 제1호에서 ‘각 사업연도의 소득에 대한 세액감면’, 제2호에서 ‘이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제’, 제3호에서 ‘이월공제가 인정되는 세액공제’ 등을 순차로 규정하고 있다.
한편 구 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제132조제1항은 법인세의 감면 등에 대한 최저한세의 제한에 관하여 그 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 않도록 규정하고, 나아가 구 조특법 제132조제3항의 위임에 따라 최저한세의 적용에 관하여 필요한 사항을 정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 제126조제4항은 “납세의무자가 신고(국세기본법에 의한 수정신고 및 경정 등의 청구를 포함한다)한 소득세액 또는 법인세액이 법 제132조의 규정에 의하여 계산한 세액에 미달하여 소득세 또는 법인세를 경정하는 경우에는 다음 각 호의 순서(동일한 호 안에서는 법 제132조제1항 및 제2항 각 호에 열거된 조문순서에 의한다)에 따라 다음 각 호의 감면을 배제하여 세액을 계산한다.”고 규정하면서, 그 각 호에서 감면을 배제할 최저한세의 적용대상인 특별감가상각비, 준비금의 손금산입, 익금불산입, 세액공제, 법인세 또는 소득세의 면제 및 감면, 소득공제 및 비과세 등을 순차로 규정하고 있다(2003.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되어 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령도 제126조제5항도 같은 내용을 규정하고 있다. 이하 이들 규정을 아울러 ‘구 조특법 시행령 제126조제4항’이라고 한다).
최저한세의 제한에 관한 구 조특법 제132조의 규정은 구 법인세법 제59조제1항이 정한 공제감면 순서의 예외를 정한 별도의 규정으로 보기 어려우므로 구 법인세법 제59조제1항에 규정된 공제감면을 동시에 적용할 경우 ‘각 사업연도의 소득에 대한 세액감면’은 ‘이월공제가 인정되는 세액공제’보다 먼저 적용하여야 한다(대법원 2012.6.14. 선고 2012두4173 판결 참조). 그리고 구 조특법 제132조제1항, 제3항 및 구 조특법 시행령 제126조제4항의 규정 체계와 문언, 구 조특법 시행령 제126조제4항의 입법 취지 등에 비추어 보면, 구 조특법 시행령 제126조제4항은 납세의무자가 구 조특법 제132조에 의한 최저한세의 제한을 적용하지 않거나 잘못 적용하여 법인세를 신고한 때에 구 조특법이 최저한세의 적용대상인 감면 등이 여럿일 경우 그 배제순서를 규정하고 있지 아니하여 과세관청이 구 조특법 제132조에 의한 최저한세의 제한을 적용하기 위한 감면 등의 배제순서만을 규정하고 있는 것으로 보아야 하고, 구 조특법 제132조에 의한 최저한세의 적용대상인 감면 등과 최저한세의 적용대상이 아닌 감면 등을 모두 적용한 세액을 기준으로 다시 최저한세의 제한을 적용하여 감면 등을 배제하도록 하는 규정으로 볼 것은 아니다.
2. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 채택 증거에 의하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면으로서 최저한세의 제한이 적용되지 않는 외국인투자법인세감면(구 조특법 제121조의2)이 이월공제가 인정되는 세액공제로서 최저한세의 제한이 적용되는 연구 및 인력개발비 세액공제(구 조특법 제10조)보다 먼저 적용되어야 한다는 이유로, 피고가 외국인투자법인세감면에 앞서 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용함으로써 이월공제가 인정되는 연구 및 인력개발비 세액공제가 2002 사업연도에 이미 소진되었다고 보아 2004 사업연도 및 2005 사업연도의 법인세를 추가로 과세한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하고, 나아가 이를 전제로 정당한 세액을 계산하면 이 사건 처분의 세액보다 많은 금액이 산출된다고 단정할 수 없다는 이유로 구 조특법 제132조에 의한 최저한세의 적용대상인 감면 등과 최저한세의 적용대상이 아닌 감면 등을 모두 적용한 세액을 기준으로 구 조특법 시행령 제126조제4항에 의하여 다시 최저한세의 제한을 적용하여 감면 등을 배제하여야 한다는 피고의 주장을 배척하였다.
원심의 이러한 판단은 앞서 본 법리에 따른 것으로서 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 구 법인세법 제59조제1항, 구 조특법 제132조 및 구 조특법 시행령 제126조제4항에 관한 법리오해나 판단누락의 위법 등이 있다고 할 수 없다.
3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 이인복(재판장) 민일영 박보영 김신(주심)