<판결요지>
구 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조의3 제1항, 제2항, 구 부가가치세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제63조의3 제1항, 제3항, 제6항, 제7항, 제8항 규정들의 문언 내용과 형식, 그리고 재고매입세액 공제제도의 취지 등을 종합하여 보면, 간이과세자에서 일반과세자로 변경되는 사업자가 시행령 제63조의3 제1항이 규정하는 기한 내에 일반과세 전환시의 재고품 및 감가상각자산을 신고하지 아니하였다고 하여 재고매입세액의 공제가 배제된다고 할 수는 없고, 그 사업자가 시행령 제63조의3 제1항에서 규정하는 기한 경과 후에 일반과세 전환시의 재고품 및 감가상각자산을 신고하는 경우에도 일반과세 전환시의 재고품 및 감가상각자산에 대해서는 시행령 제63조의3 제3항에 따라 계산한 재고매입세액을 그 신고한 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제할 수 있다고 봄이 타당하다.
◆ 대법원 2012.7.26. 선고 2010두2845 판결 [부가가치세환급거부처분취소]
♣ 원고, 상고인 / 원고
♣ 피고, 피상고인 / 강서세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2010.1.8. 선고 2009누16338 판결
<주 문>
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
1. 구 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조의3 제1항은 “제25조의 규정에 의한 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.”고 규정하고, 제2항은 “제1항의 재고매입세액의 공제에 관하여 재고품의 범위, 그 적용시기 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제63조의3 제1항은 “간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 그 각 호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의한 매입세액 공제대상인 것에 한한다)을 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세 전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.”고 규정하고, 제3항은 “제1항의 규정에 의하여 신고한 자에 대하여는 그 각 호의 방법에 의하여 계산한 금액을 매입세액(이하 ‘재고매입세액’이라 한다)으로 공제한다.”고 규정하며, 제6항은 “제1항의 규정에 의한 신고를 받은 관할세무서장은 재고매입세액으로서 공제할 수 있는 재고금액을 조사·승인하고 제1항에 규정하는 기한 경과 후 1월 이내에 당해 사업자에게 공제될 재고매입세액을 통지하여야 한다. 이 경우 그 기한 내에 통지하지 아니하는 때에는 당해 사업자가 신고한 재고금액을 승인한 것으로 본다.”고 규정하고, 제7항은 “제6항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 그 승인을 얻은 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.”고 규정하며, 제8항은 “제6항의 규정에 의하여 승인하거나 승인한 것으로 보는 재고매입세액의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 재고매입세액을 조사하여 경정한다.”고 규정하고 있다.
이러한 규정들의 문언 내용과 형식, 그리고 재고매입세액 공제제도의 취지 등을 종합하여 보면, 간이과세자에서 일반과세자로 변경되는 사업자가 시행령 제63조의3 제1항이 규정하는 기한 내에 일반과세 전환시의 재고품 및 감가상각자산을 신고하지 아니하였다고 하여 재고매입세액의 공제가 배제된다고 할 수는 없고, 그 사업자가 시행령 제63조의3 제1항에서 규정하는 기한 경과 후에 일반과세 전환시의 재고품 및 감가상각자산을 신고하는 경우에도 일반과세 전환시의 재고품 및 감가상각자산에 대해서는 시행령 제63조의3 제3항에 따라 계산한 재고매입세액을 그 신고한 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제할 수 있다고 봄이 상당하다.
2. 그럼에도 이 사건에서 원심은, 법 제17조의3의 규정에 의한 재고매입세액의 공제를 받기 위해서는 반드시 시행령 제63조의3 제1항이 규정하는 기한 내에 일반과세 전환시의 재고품 및 감가상각자산을 신고하여야 한다고 전제한 다음, 원고가 일반과세자로 변경되기 직전 과세기간에 대한 확정신고기한인 2008.1.25.까지 재고매입세액 공제신고를 하지 아니하다가 2008.4.23.에서야 이를 신고하였으므로, 원고는 법 제17조의3의 규정에 의한 재고매입세액의 공제를 받을 수 없다는 이유로, 원고가 시행령 제63조의3 제3항에 따라 재고매입세액으로 공제받을 수 있는 금액이 있는지 여부를 심리하지 아니한 채 피고가 원고의 재고매입세액 공제를 부인한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였는바, 이러한 원심의 판단에는 재고매입세액 공제에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 취지의 원고의 주장은 이유 있다.
3. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 박보영(재판장) 신영철 민일영(주심)