<판결요지>
구 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제4항제1호의 문언 내용 및 입법 취지, 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인은 그에 따른 소득세를 원천징수하여 소득금액변동통지서를 받은 날의 다음달 10일까지 납부하여야 하는데 이를 위해서는 다시 연말정산을 하여야 하고 그 지급조서도 제출하여야 하는 점, 이러한 연말정산과 지급조서 제출도 구 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제137조에서 정한 연말정산이나 제164조에서 정한 지급조서 제출의 범위에 포함된다고 보는 것이 타당한 점 등을 종합하여 보면, 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인이 납부기한 내에 다시 연말정산을 거쳐 그에 따른 소득세를 원천징수하여 납부하고 지급조서를 제출한 경우 그에 대한 구 국세기본법 제45조의2 제4항제1호에서 정한 경정청구기간은 소득금액변동통지에 따른 소득세 납부기한(소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음달 10일) 다음날부터 기산된다.
◆ 대법원 2011.11.24. 선고 2009두23587 판결 [경정청구거부처분취소]
♣ 원고, 상고인 / ○○티엘에스 주식회사
♣ 피고, 피상고인 / 영등포세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2009.11.12. 선고 2008누32791 판결
<주 문>
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다.
구 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항, 제4항제1호의 규정에 의하면, 원천징수의무자가 근로소득만 있는 자 등(이하 ‘근로소득자 등’이라 한다)에 대하여 소득세법 제137조 등의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 동법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한 내에 제출한 경우 그 원천징수의무자 또는 근로소득자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 납부하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 연말정산세액의 납부기한 경과 후 3년 이내에 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
한편 구 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제128조제1항 본문은 “원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 납부하여야 한다.”고 규정하고, 제137조제1항은 근로소득의 연말정산과 관련하여 “주된 근무지의 원천징수의무자가 당해 연도의 다음 연도 1월분의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의 당해 연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 세액공제를 한 후 당해 연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.”고 규정하며, 제164조제1항은 “소득세 납세의무가 있는 개인에게 근로소득에 해당하는 소득금액을 지급하는 자는 지급조서를 그 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 제출하여야 한다.”고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 제20조제1항제1호 (다)목은 근로소득의 하나로 ‘법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액’을 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제192조제2항은 “법인세법에 의하여 상여 등으로 처분된 금액은 법인 등이 소득금액변동통지서를 받은 날에 지급한 것으로 본다.”고 규정하고 있다.
구 국세기본법 제45조의2 제4항제1호의 문언 내용 및 입법 취지, 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인은 그에 따른 소득세를 원천징수하여 소득금액변동통지서를 받은 날의 다음달 10일까지 납부하여야 하는데 이를 위해서는 다시 연말정산을 하여야 하고 그 지급조서도 제출하여야 하는 점, 이러한 연말정산과 지급조서의 제출도 구 소득세법 제137조 소정의 연말정산이나 제164조 소정의 지급조서 제출의 범위에 포함된다고 봄이 타당한 점 등을 종합하여 보면, 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인이 납부기한 내에 다시 연말정산을 거쳐 그에 따른 소득세를 원천징수하여 납부하고 지급조서를 제출한 경우 그에 대한 구 국세기본법 제45조의2 제4항제1호 소정의 경정청구기간은 소득금액변동통지에 따른 소득세의 납부기한(소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음달 10일)의 다음날부터 기산된다고 할 것이다.
그럼에도 원심은, 이와 달리 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인이 납부기한 내에 다시 연말정산을 거쳐 그에 따른 소득세를 원천징수하여 납부하고 지급조서를 제출한 경우에도 구 국세기본법 제45조의2 제4항제1호 소정의 경정청구기간은 구 소득세법 제128조제1항 본문, 제137조제1항에서 정한 당초의 연말정산세액의 납부기한(근로소득이 귀속되는 당해 연도의 다음 연도 2월 10일) 다음날부터 기산된다는 전제 아래, 비록 피고가 2006.3.16.경 ‘이 사건 외주운송비가 2003 사업연도에 사외로 유출되었으나 그 귀속이 불분명하다’는 이유로 이 사건 외주운송비 상당액을 대표자에 대한 상여로 처분한 다음 원고에게 그 소득금액변동통지를 하였고, 원고가 납부기한 내인 2006.4.10. 피고에게 그에 따른 소득세를 원천징수하여 납부하고 그 지급조서를 제출하였다고 하더라도, 위 원천징수세액의 경정을 구하는 이 사건 경정청구는 구 소득세법 제128조제1항 본문, 제137조제1항에서 정한 당초의 연말정산세액의 납부기한인 2004.2.10.부터 3년이 지난 2007.4.20. 제기되어 부적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 경정청구기간의 기산일에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 전수안(재판장) 양창수 이상훈(주심)