<판결요지>
[1] 구 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는데, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항제1호에서 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’란 최초 신고·결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다.
[2] 갑 유한회사가 을 유한회사에 상가건물 신축공사를 도급준 다음 을 회사에게서 교부받은 세금계산서를 근거로 매입세액 공제 등을 구하였으나, 위 세금계산서가 허위라는 이유로 과세관청이 이를 부인하는 내용의 부가가치세 및 법인세 경정처분을 하였는데, 이후 갑 회사가 을 회사를 상대로 제기한 부당이득금 반환청구의 소에서 ‘갑 회사가 위 공사와 관련하여 을 회사에 약정 공사대금을 초과한 돈을 지급하였다는 사실’을 인정하는 내용의 승소 확정판결을 받은 다음, 이를 근거로 구 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항제1호에 따라 부가가치세 등의 감액을 주장하면서 후발적 경정청구를 하였으나 과세관청이 이를 거부하는 처분을 한 사안에서, 갑 회사의 후발적 경정청구가 인정되기 위해서는 ‘을 회사가 갑 회사에 세금계산서상 공급가액에 상당하는 건축공사 용역을 실제로 제공하였다는 점’이 위 판결에서 확정되어야 하는데, 위 인정 사실만으로는 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정되었다고 볼 수 없다는 이유로, 위 거부처분은 적법하다고 한 사례.
◆ 대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 [법인세등경정거부처분취소]
♣ 원고, 상고인 / 유한회사 ○○컨설팅
♣ 피고, 피상고인 / 성동세무서장
♣ 원심판결 / 서울고법 2009.11.3. 선고 2009누12329 판결
<주 문>
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.
<이 유>
상고이유를 판단한다(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 준비서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서 판단한다).
1. 구 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제45조의2 제2항은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다’고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정(이하 ‘최초의 신고 등’이라 한다)에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 규정하고 있다.
이처럼 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2006.1.26. 선고 2005두7006 판결, 대법원 2008.7.24. 선고 2006두10023 판결 등 참조).
2. 가. 원심은 그 채용 증거를 종합하여, ① 원고는 2000.1.5. 유한회사 ○○종합건설(이하 ‘○○건설’이라 한다)과 서울 성동구 성수 2가 지상 상가건물의 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다) 도급계약을 체결한 후 ○○건설이 2001.6.경 그 공사를 완료하자 위 상가건물을 분양하고 2001년 제2기 부가가치세를 신고·납부하면서 ○○건설이 2001.7.1. 발행한 공급대가 56억 원의 이 사건 세금계산서(공급가액 5,090,909,090원, 세액 509,090,910원)를 근거로 그 매입세액의 공제를 구한 사실, ② 피고는 이 사건 세금계산서가 실제 공사용역의 제공 없이 허위로 작성된 것이라는 이유로 그 매입세액의 공제 및 공급가액의 손금산입을 부인하는 내용의 2003.2.1.자 부가가치세 및 법인세 경정처분을 한 사실, ③ 원고는 2006.4.17. ○○건설을 상대로 서울동부지방법원에 부당이득금 반환청구의 소를 제기하였는바, 당초에는 ○○건설이 원고로부터 이 사건 세금계산서상의 세액 509,090,910원을 수령하고도 과세관청에 이를 납부하지 아니하였다는 이유로 그 반환을 구하다가, ○○건설이 원고에게 이 사건 세금계산서를 포함하여 공급대가 합계 135억 원 상당의 세금계산서를 발행하였으나 원고가 ○○건설에게 약 160억 원을 지급하였고 그 차액은 갈취당한 것이라는 이유로 그에 따른 손해배상을 구한 후, 변론종결일에 와서는 다시 ○○건설이 공사대금을 초과하여 지급받았다는 이유로 509,090,910원의 반환을 구한 사실, ④ 위 소송에서 ○○건설에 대한 공시송달로 일체의 소송서류가 송달되고 그 변론이 진행된 결과 위 법원은 2006.11.23. ‘원고와 ○○건설 사이에 이 사건 공사와 관련하여 체결한 공사계약 및 추가공사계약에 기한 공사대금이 135억 원인데, 원고가 2000.5.경부터 2002.1.경 사이에 ○○건설에 16,079,023,500원을 지급한 사실’을 인정하면서 원고가 ○○건설에 지급한 위 금원 중 약정공사대금을 초과하는 부분은 부당이득이므로 ○○건설은 원고에게 그 중 원고가 구하는 509,090,910원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다는 내용의 원고 승소판결을 선고하여 2006.12.14. 그 판결이 확정된 사실, ⑤ 원고는 2007.2.5. 위 민사 사건 판결의 확정에 따라 원고가 ○○건설에 공사대금 56억 원을 지급한 사실이 확정되었다는 이유로 2001년 제2기 부가가치세와 2001 사업연도 법인세를 각 감액해야 한다고 주장하면서 피고에게 법 제45조의2 제2항제1호에 따른 경정청구를 하였으나, 피고가 이를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
나. 원심은 이러한 사실관계를 토대로 하여, 위 민사 사건에서 원고가 ○○건설에게 이 사건 세금계산서상의 공급대가 56억 원을 지급하였다는 점이 당사자 사이에 투명하게 다투어지지 아니하였고 이를 입증할 만한 객관적인 자료가 제출되지 아니하였으며 그 판결의 주문이나 이유에서도 이 점이 명확히 판단되었다고 볼 수 없으므로, 위 민사 사건의 판결에서 인정된 사실만으로는 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서가 아니라는 점이 확정되었다고 볼 수 없다는 이유로, 위 민사 사건의 판결 확정이 법 제45조의2 제2항제1호의 경정청구사유에 해당하지 아니한다고 보아 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다.
3. 앞서 본 법 제45조의2 제2항의 법리에 비추어 보면 이 사건 세금계산서가 허위가 아니어서 원고의 경정청구가 인정되기 위해서는 ○○건설이 원고에게 이 사건 세금계산서상의 공급가액에 상당하는 건축공사 용역을 실제로 제공하였음이 위 민사 사건의 판결에서 확정되었어야 하는데, 위 민사 사건의 판결에서는 원고가 ○○건설에게 이 사건 공사에 관하여 약정공사대금 135억 원을 초과하는 약 160억 원을 지급한 사실을 인정하였을 뿐, 정작 이 사건 세금계산서상의 56억 원에 관하여는 아무런 언급이 없는바, 그렇다면 위 민사 사건의 판결에서 인정한 사실만으로는 위 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 피고의 과세처분(2003.2.1.자 경정처분)이 정당하게 유지될 수 없게 되었다고 보기 어렵다 할 것이다.
원심의 이유 설시에 다소 부적절한 점은 있으나, 위 민사 사건의 판결 확정만으로는 법 제45조의2 제2항제1호 소정의 경정청구사유에 해당하지 아니한다고 본 결론은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 것과 같이 법 제45조의2 제2항제1호의 해석이나 입증 책임에 관하여 법리를 오해한 잘못이 없다.
4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 김능환(재판장) 안대희 민일영(주심) 이인복